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<constantSiteWeights id="IntegerParameter.0" spec="parameter.IntegerParameter" dimension="4" lower="0" upper="0">674360 1272984 1270787 675130</constantSiteWeights> + </alignment> + </taxa> + </trait> + <taxonset idref="TaxonSet.L2_date_0"/> + </tree> + <parameter id="kappa.s:L2_date_0" lower="0.0" name="stateNode">2.0</parameter> + <parameter id="popSize.t:L2_date_0" name="stateNode">0.3</parameter> + <parameter id="ucldMean.c:L2_date_0" lower="0.0" name="stateNode" upper="1.0E-4">1.0E-8</parameter> + <parameter id="ucldStdev.c:L2_date_0" lower="0.0" name="stateNode">0.1</parameter> + <stateNode id="rateCategories.c:L2_date_0" spec="parameter.IntegerParameter" dimension="614">1</stateNode> + <parameter id="freqParameter.s:L2_date_0" dimension="4" lower="0.0" name="stateNode" upper="1.0">0.25</parameter> + </state> + + <init id="RandomTree.t:L2_date_0" spec="beast.evolution.tree.RandomTree" estimate="false" initial="@Tree.t:L2_date_0" taxa="@L2_date_0"> + <populationModel 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+ </distribution> + <distribution id="likelihood" spec="util.CompoundDistribution" useThreads="true"> + <distribution id="treeLikelihood.L2_date_0" spec="ThreadedTreeLikelihood" data="@L2_date_0" tree="@Tree.t:L2_date_0"> + <siteModel id="SiteModel.s:L2_date_0" spec="SiteModel"> + <parameter id="mutationRate.s:L2_date_0" estimate="false" name="mutationRate">1.0</parameter> + <parameter id="gammaShape.s:L2_date_0" estimate="false" name="shape">1.0</parameter> + <parameter id="proportionInvariant.s:L2_date_0" estimate="false" lower="0.0" name="proportionInvariant" upper="1.0">0.0</parameter> + <substModel id="hky.s:L2_date_0" spec="HKY" kappa="@kappa.s:L2_date_0"> + <frequencies id="estimatedFreqs.s:L2_date_0" spec="Frequencies" frequencies="@freqParameter.s:L2_date_0"/> + </substModel> + </siteModel> + <branchRateModel id="RelaxedClock.c:L2_date_0" spec="beast.evolution.branchratemodel.UCRelaxedClockModel" clock.rate="@ucldMean.c:L2_date_0" rateCategories="@rateCategories.c:L2_date_0" 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