diff --git a/singularity/Singularity.1.7.1 b/singularity/Singularity.1.7.1 index a8062218e2c0f30fc91b45dbf3af5c68098b1ba0..9cbfc4a6e905d162c4a7979bc9435e563c4021d4 100644 --- a/singularity/Singularity.1.7.1 +++ b/singularity/Singularity.1.7.1 @@ -254,6 +254,19 @@ $OST_ROOT/bin/molck "$@" ############################################################################## $OST_ROOT/bin/ost "$@" +%appenv IPython +############################################################################## +# NOTEBOOK ENV +############################################################################## +export DNG_ROOT=$OST_ROOT +export DNG_INITDIR=${DNG_ROOT}/lib64/python2.7/site-packages/ost + +%apprun IPython +############################################################################## +# OST IPYTON APP +############################################################################## +. $VIRTUALENV_DIR/bin/activate && ipython -i $DNG_INITDIR/ost_startup.py "$@" + %appenv Notebook ############################################################################## # NOTEBOOK ENV @@ -277,9 +290,10 @@ Singularity container for OST $OPENSTRUCTURE_VERSION. This container includes the following apps: * OST - OpenStructure binary + * IPython - OST-powered iPython shell + * Notebook - A Jupyter notebook palyground with OST and nglview * lDDT - The Local Distance Difference Test * Molck - Molecular checker - * Notebook - A Jupyter notebook palyground with OST and nglview To see the help for each individual app run: