From 1b1874c6bd4f738e14fb6270e5a8581c42884794 Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: Rafal Gumienny <guma44@gmail.com>
Date: Wed, 14 Mar 2018 12:57:29 +0100
Subject: [PATCH] fix: SCHWED-3097 Add IPython OST app
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singularity/Singularity.1.7.1 | 16 +++++++++++++++-
1 file changed, 15 insertions(+), 1 deletion(-)
diff --git a/singularity/Singularity.1.7.1 b/singularity/Singularity.1.7.1
index a8062218e..9cbfc4a6e 100644
--- a/singularity/Singularity.1.7.1
+++ b/singularity/Singularity.1.7.1
@@ -254,6 +254,19 @@ $OST_ROOT/bin/molck "$@"
##############################################################################
$OST_ROOT/bin/ost "$@"
+%appenv IPython
+##############################################################################
+# NOTEBOOK ENV
+##############################################################################
+export DNG_ROOT=$OST_ROOT
+export DNG_INITDIR=${DNG_ROOT}/lib64/python2.7/site-packages/ost
+
+%apprun IPython
+##############################################################################
+# OST IPYTON APP
+##############################################################################
+. $VIRTUALENV_DIR/bin/activate && ipython -i $DNG_INITDIR/ost_startup.py "$@"
+
%appenv Notebook
##############################################################################
# NOTEBOOK ENV
@@ -277,9 +290,10 @@ Singularity container for OST $OPENSTRUCTURE_VERSION.
This container includes the following apps:
* OST - OpenStructure binary
+ * IPython - OST-powered iPython shell
+ * Notebook - A Jupyter notebook palyground with OST and nglview
* lDDT - The Local Distance Difference Test
* Molck - Molecular checker
- * Notebook - A Jupyter notebook palyground with OST and nglview
To see the help for each individual app run:
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GitLab