diff --git a/singularity/Singularity.1.7.1 b/singularity/Singularity.1.7.1 index 7924c4a21237e88ea6b43244a47ec70de8e170a3..211a41c4a98da9295ad81cf8cb97aa470f6a809d 100644 --- a/singularity/Singularity.1.7.1 +++ b/singularity/Singularity.1.7.1 @@ -55,6 +55,13 @@ apt-get update -y && apt-get install -y cmake \ clustalw \ python-virtualenv +# INSTALL SOME PYTHON PACKAGES GLOBALY +###################################### +pip install --upgrade pip && pip install numpy==1.10.4 \ + scipy==1.0.0 \ + pandas==0.22.0 + + # SET UP VIRTUALENV ################### virtualenv --system-site-packages $VIRTUALENV_DIR @@ -63,11 +70,8 @@ virtualenv --system-site-packages $VIRTUALENV_DIR # INSTALL REQUIRED PYTHON PACKAGES ################################## -pip install --upgrade pip && pip install numpy==1.10.4 \ - scipy==1.0.0 \ - pandas==0.22.0 \ - jupyter==1.0.0 \ - nglview==1.0 +pip install jupyter==1.0.0 \ + nglview==1.0 # DOWNLOAD AND INSTALL MSMS ############## @@ -210,19 +214,19 @@ export VIRTUALENV_DIR="/usr/local/share/ost_venv" ############################################################################## # CHEMDICT TOOL APP ############################################################################## -. $VIRTUALENV_DIR/bin/activate && $OST_ROOT/bin/chemdict_tool "$@" +$OST_ROOT/bin/chemdict_tool "$@" %apprun lDDT ############################################################################## # lDDT APP ############################################################################## -. $VIRTUALENV_DIR/bin/activate && $OST_ROOT/bin/lddt "$@" +$OST_ROOT/bin/lddt "$@" %apprun Molck ############################################################################## # MOLCK APP ############################################################################## -. $VIRTUALENV_DIR/bin/activate && $OST_ROOT/bin/molck "$@" +$OST_ROOT/bin/molck "$@" %apprun OST ##############################################################################