From 8cd2d0a417709265b605b4b40232fdfe561af487 Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: Rafal Gumienny <guma44@gmail.com>
Date: Tue, 13 Mar 2018 17:26:04 +0100
Subject: [PATCH] fix: SCHWED-3097 Some commands do not need virtualenv
---
singularity/Singularity.1.7.1 | 20 ++++++++++++--------
1 file changed, 12 insertions(+), 8 deletions(-)
diff --git a/singularity/Singularity.1.7.1 b/singularity/Singularity.1.7.1
index 7924c4a21..211a41c4a 100644
--- a/singularity/Singularity.1.7.1
+++ b/singularity/Singularity.1.7.1
@@ -55,6 +55,13 @@ apt-get update -y && apt-get install -y cmake \
clustalw \
python-virtualenv
+# INSTALL SOME PYTHON PACKAGES GLOBALY
+######################################
+pip install --upgrade pip && pip install numpy==1.10.4 \
+ scipy==1.0.0 \
+ pandas==0.22.0
+
+
# SET UP VIRTUALENV
###################
virtualenv --system-site-packages $VIRTUALENV_DIR
@@ -63,11 +70,8 @@ virtualenv --system-site-packages $VIRTUALENV_DIR
# INSTALL REQUIRED PYTHON PACKAGES
##################################
-pip install --upgrade pip && pip install numpy==1.10.4 \
- scipy==1.0.0 \
- pandas==0.22.0 \
- jupyter==1.0.0 \
- nglview==1.0
+pip install jupyter==1.0.0 \
+ nglview==1.0
# DOWNLOAD AND INSTALL MSMS
##############
@@ -210,19 +214,19 @@ export VIRTUALENV_DIR="/usr/local/share/ost_venv"
##############################################################################
# CHEMDICT TOOL APP
##############################################################################
-. $VIRTUALENV_DIR/bin/activate && $OST_ROOT/bin/chemdict_tool "$@"
+$OST_ROOT/bin/chemdict_tool "$@"
%apprun lDDT
##############################################################################
# lDDT APP
##############################################################################
-. $VIRTUALENV_DIR/bin/activate && $OST_ROOT/bin/lddt "$@"
+$OST_ROOT/bin/lddt "$@"
%apprun Molck
##############################################################################
# MOLCK APP
##############################################################################
-. $VIRTUALENV_DIR/bin/activate && $OST_ROOT/bin/molck "$@"
+$OST_ROOT/bin/molck "$@"
%apprun OST
##############################################################################
--
GitLab