diff --git a/modules/io/src/mol/mmcif_writer.cc b/modules/io/src/mol/mmcif_writer.cc
index 1b3bcf5489461a0c139bc1112dc6cd368ba184b7..12c31d54a60b523908a4a469773fe8153c01463e 100644
--- a/modules/io/src/mol/mmcif_writer.cc
+++ b/modules/io/src/mol/mmcif_writer.cc
@@ -288,187 +288,169 @@ namespace {
return type;
}
- inline String MonIDToOLC(char chem_class,
- const String& mon_id) {
+ inline String MonIDToOLC(const String& mon_id) {
// hardcoded table according
// https://mmcif.wwpdb.org/dictionaries/mmcif_pdbx_v50.dic/Items/_entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code.html
- if(ost::mol::ChemClass(chem_class).IsPeptideLinking()) {
- switch(mon_id[0]) {
- case 'A': {
- if(mon_id == "ALA") {
- return "A";
- }
- if(mon_id == "ACE") {
- return "(ACE)";
- }
- if(mon_id == "ASP") {
- return "D";
- }
- if(mon_id == "ASN") {
- return "N";
- }
- if(mon_id == "ARG") {
- return "R";
- }
- break;
+ switch(mon_id[0]) {
+ case 'A': {
+ if(mon_id == "ALA") {
+ return "A";
}
- case 'C': {
- if(mon_id == "CYS") {
- return "C";
- }
- break;
+ if(mon_id == "ACE") {
+ return "(ACE)";
}
- case 'G': {
- if(mon_id == "GLU") {
- return "E";
- }
- if(mon_id == "GLY") {
- return "G";
- }
- if(mon_id == "GLN") {
- return "Q";
- }
- break;
+ if(mon_id == "ASP") {
+ return "D";
}
- case 'H': {
- if(mon_id == "HIS") {
- return "H";
- }
- break;
+ if(mon_id == "ASN") {
+ return "N";
}
- case 'I': {
- if(mon_id == "ILE") {
- return "I";
- }
- break;
+ if(mon_id == "ARG") {
+ return "R";
}
- case 'L': {
- if(mon_id == "LEU") {
- return "L";
- }
- if(mon_id == "LYS") {
- return "K";
- }
- break;
+ if(mon_id == "A") {
+ return "A";
}
- case 'M': {
- if(mon_id == "MET") {
- return "M";
- }
- if(mon_id == "MSE") {
- return "(MSE)";
- }
- break;
+ break;
+ }
+ case 'C': {
+ if(mon_id == "CYS") {
+ return "C";
}
- case 'N': {
- if(mon_id == "NH2") {
- return "(NH2)";
- }
- break;
+ if(mon_id == "C") {
+ return "C";
}
- case 'P': {
- if(mon_id == "PHE") {
- return "F";
- }
- if(mon_id == "PYL") {
- return "O";
- }
- if(mon_id == "PRO") {
- return "P";
- }
- if(mon_id == "PTR") {
- return "(PTR)";
- }
- if(mon_id == "PCA") {
- return "(PCA)";
- }
- break;
+ break;
+ }
+ case 'D': {
+ if(mon_id == "DA") {
+ return "(DA)";
}
- case 'S': {
- if(mon_id == "SER") {
- return "S";
- }
- if(mon_id == "SEC") {
- return "U";
- }
- if(mon_id == "SEP") {
- return "(SEP)";
- }
- break;
+ if(mon_id == "DC") {
+ return "(DC)";
}
- case 'T': {
- if(mon_id == "THR") {
- return "T";
- }
- if(mon_id == "TRP") {
- return "W";
- }
- if(mon_id == "TYR") {
- return "Y";
- }
- if(mon_id == "TPO") {
- return "(TPO)";
- }
- break;
+ if(mon_id == "DG") {
+ return "(DG)";
}
- case 'V': {
- if(mon_id == "VAL") {
- return "V";
- }
- break;
+ if(mon_id == "DT") {
+ return "(DT)";
}
+ break;
}
- } else if(ost::mol::ChemClass(chem_class).IsNucleotideLinking()) {
- switch(mon_id[0]) {
- case 'A': {
- if(mon_id == "A") {
- return "A";
- }
- break;
+ case 'G': {
+ if(mon_id == "GLU") {
+ return "E";
}
- case 'C': {
- if(mon_id == "C") {
- return "C";
- }
- break;
+ if(mon_id == "GLY") {
+ return "G";
}
- case 'D': {
- if(mon_id == "DA") {
- return "(DA)";
- }
- if(mon_id == "DC") {
- return "(DC)";
- }
- if(mon_id == "DG") {
- return "(DG)";
- }
- if(mon_id == "DT") {
- return "(DT)";
- }
- break;
+ if(mon_id == "GLN") {
+ return "Q";
}
- case 'G': {
- if(mon_id == "G") {
- return "G";
- }
- break;
+ if(mon_id == "G") {
+ return "G";
}
- case 'I': {
- if(mon_id == "I") {
- return "I";
- }
- break;
- }
- case 'U': {
- if(mon_id == "U") {
- return "U";
- }
- break;
- }
+ break;
+ }
+ case 'H': {
+ if(mon_id == "HIS") {
+ return "H";
+ }
+ break;
+ }
+ case 'I': {
+ if(mon_id == "ILE") {
+ return "I";
+ }
+ if(mon_id == "I") {
+ return "I";
+ }
+ break;
+ }
+ case 'L': {
+ if(mon_id == "LEU") {
+ return "L";
+ }
+ if(mon_id == "LYS") {
+ return "K";
+ }
+ break;
+ }
+ case 'M': {
+ if(mon_id == "MET") {
+ return "M";
+ }
+ if(mon_id == "MSE") {
+ return "(MSE)";
+ }
+ break;
+ }
+ case 'N': {
+ if(mon_id == "NH2") {
+ return "(NH2)";
+ }
+ break;
}
- }
+ case 'P': {
+ if(mon_id == "PHE") {
+ return "F";
+ }
+ if(mon_id == "PYL") {
+ return "O";
+ }
+ if(mon_id == "PRO") {
+ return "P";
+ }
+ if(mon_id == "PTR") {
+ return "(PTR)";
+ }
+ if(mon_id == "PCA") {
+ return "(PCA)";
+ }
+ break;
+ }
+ case 'S': {
+ if(mon_id == "SER") {
+ return "S";
+ }
+ if(mon_id == "SEC") {
+ return "U";
+ }
+ if(mon_id == "SEP") {
+ return "(SEP)";
+ }
+ break;
+ }
+ case 'T': {
+ if(mon_id == "THR") {
+ return "T";
+ }
+ if(mon_id == "TRP") {
+ return "W";
+ }
+ if(mon_id == "TYR") {
+ return "Y";
+ }
+ if(mon_id == "TPO") {
+ return "(TPO)";
+ }
+ break;
+ }
+ case 'U': {
+ if(mon_id == "U") {
+ return "U";
+ }
+ break;
+ }
+ case 'V': {
+ if(mon_id == "VAL") {
+ return "V";
+ }
+ break;
+ }
+ }
return "(" + mon_id + ")";
}
@@ -630,8 +612,7 @@ namespace {
for(size_t i = 0; i < resnums.size(); ++i) {
if(info.mon_ids[resnums[i]-1] == "-") {
info.mon_ids[resnums[i]-1] = mon_ids[i];
- info.seq_olcs[resnums[i]-1] = MonIDToOLC(res_list[i].GetChemClass(),
- mon_ids[i]);
+ info.seq_olcs[resnums[i]-1] = MonIDToOLC(mon_ids[i]);
char olc = res_list[i].GetOneLetterCode();
if(olc < 'A' || olc > 'Z') {
info.seq_can_olcs[resnums[i]-1] = "X";
@@ -727,8 +708,7 @@ namespace {
seq_can.assign(max_resnum, "-");
for(size_t i = 0; i < res_mon_ids.size(); ++i) {
mon_ids[resnums[i]-1] = res_mon_ids[i];
- seq[resnums[i]-1] = MonIDToOLC(res_list[i].GetChemClass(),
- mon_ids[resnums[i]-1]);
+ seq[resnums[i]-1] = MonIDToOLC(mon_ids[resnums[i]-1]);
char olc = res_list[i].GetOneLetterCode();
if(olc < 'A' || olc > 'Z') {
seq_can[resnums[i]-1] = "X";
@@ -744,7 +724,7 @@ namespace {
} else {
for(auto res: res_list) {
mon_ids.push_back(res.GetName());
- seq.push_back(MonIDToOLC(res.GetChemClass(), res.GetName()));
+ seq.push_back(MonIDToOLC(res.GetName()));
char olc = res.GetOneLetterCode();
if(olc < 'A' || olc > 'Z') {
seq_can.push_back("X");
@@ -1442,8 +1422,7 @@ MMCifWriterEntity MMCifWriterEntity::FromPolymer(const String& entity_poly_type,
ost::conop::CompoundPtr compound =
compound_lib->FindCompound(mon_id, ost::conop::Compound::PDB);
if(compound) {
- char chem_class = compound->GetChemClass();
- ent.seq_olcs.push_back(MonIDToOLC(chem_class, mon_id));
+ ent.seq_olcs.push_back(MonIDToOLC(mon_id));
ent.seq_can_olcs.push_back(String(1, compound->GetOneLetterCode()));
} else {
ent.seq_olcs.push_back("(" + mon_id + ")");