From b3ce2bbb8eb844288e61fe6b3a1a8ced777e1728 Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: Gabriel Studer <gabriel.studer@stud.unibas.ch>
Date: Thu, 28 Feb 2013 15:40:00 +0100
Subject: [PATCH] new BLOSUM substitution matrices
Added BLOSUM 45,80 and 100. The data for all matrices
(including BLOSUM62) originates from the matlab blosum()
function.
---
modules/seq/alg/pymod/mat.py | 132 ++++++++++++++++++++++++++++-------
1 file changed, 106 insertions(+), 26 deletions(-)
diff --git a/modules/seq/alg/pymod/mat.py b/modules/seq/alg/pymod/mat.py
index 65152f045..d500be8fd 100644
--- a/modules/seq/alg/pymod/mat.py
+++ b/modules/seq/alg/pymod/mat.py
@@ -12,34 +12,114 @@ def _InitMatrix(data):
for j, weight in enumerate(row):
mat.SetWeight(chars[i], chars[j], weight)
return mat
+
+_RAW_BLOSUM45_DATA=(
+ ( 5, -1, -1, -2, -1, -2, 0, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -2, 1, 0, 0, -2, 0, -2, -1),
+ (-1, 4, -2, 5, 1, -3, -1, 0, -3, 0, -3, -2, 4, -2, 0, -1, 0, 0, -3, -4, -1, -2, 2),
+ (-1, -2, 12, -3, -3, -2, -3, -3, -3, -3, -2, -2, -2, -4, -3, -3, -1, -1, -1, -5, -2, -3, -3),
+ (-2, 5, -3, 7, 2, -4, -1, 0, -4, 0, -3, -3, 2, -1, 0, -1, 0, -1, -3, -4, -1, -2, 1),
+ (-1, 1, -3, 2, 6, -3, -2, 0, -3, 1, -2, -2, 0, 0, 2, 0, 0, -1, -3, -3, -1, -2, 4),
+ (-2, -3, -2, -4, -3, 8, -3, -2, 0, -3, 1, 0, -2, -3, -4, -2, -2, -1, 0, 1, -1, 3, -3),
+ ( 0, -1, -3, -1, -2, -3, 7, -2, -4, -2, -3, -2, 0, -2, -2, -2, 0, -2, -3, -2, -1, -3, -2),
+ (-2, 0, -3, 0, 0, -2, -2, 10, -3, -1, -2, 0, 1, -2, 1, 0, -1, -2, -3, -3, -1, 2, 0),
+ (-1, -3, -3, -4, -3, 0, -4, -3, 5, -3, 2, 2, -2, -2, -2, -3, -2, -1, 3, -2, -1, 0, -3),
+ (-1, 0, -3, 0, 1, -3, -2, -1, -3, 5, -3, -1, 0, -1, 1, 3, -1, -1, -2, -2, -1, -1, 1),
+ (-1, -3, -2, -3, -2, 1, -3, -2, 2, -3, 5, 2, -3, -3, -2, -2, -3, -1, 1, -2, -1, 0, -2),
+ (-1, -2, -2, -3, -2, 0, -2, 0, 2, -1, 2, 6, -2, -2, 0, -1, -2, -1, 1, -2, -1, 0, -1),
+ (-1, 4, -2, 2, 0, -2, 0, 1, -2, 0, -3, -2, 6, -2, 0, 0, 1, 0, -3, -4, -1, -2, 0),
+ (-1, -2, -4, -1, 0, -3, -2, -2, -2, -1, -3, -2, -2, 9, -1, -2, -1, -1, -3, -3, -1, -3, -1),
+ (-1, 0, -3, 0, 2, -4, -2, 1, -2, 1, -2, 0, 0, -1, 6, 1, 0, -1, -3, -2, -1, -1, 4),
+ (-2, -1, -3, -1, 0, -2, -2, 0, -3, 3, -2, -1, 0, -2, 1, 7, -1, -1, -2, -2, -1, -1, 0),
+ ( 1, 0, -1, 0, 0, -2, 0, -1, -2, -1, -3, -2, 1, -1, 0, -1, 4, 2, -1, -4, 0, -2, 0),
+ ( 0, 0, -1, -1, -1, -1, -2, -2, -1, -1, -1, -1, 0, -1, -1, -1, 2, 5, 0, -3, 0, -1, -1),
+ ( 0, -3, -1, -3, -3, 0, -3, -3, 3, -2, 1, 1, -3, -3, -3, -2, -1, 0, 5, -3, -1, -1, -3),
+ (-2, -4, -5, -4, -3, 1, -2, -3, -2, -2, -2, -2, -4, -3, -2, -2, -4, -3, -3, 15, -2, 3, -2),
+ ( 0, -1, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, 0, 0, -1, -2, -1, -1, -1),
+ (-2, -2, -3, -2, -2, 3, -3, 2, 0, -1, 0, 0, -2, -3, -1, -1, -2, -1, -1, 3, -1, 8, -2),
+ (-1, 2, -3, 1, 4, -3, -2, 0, -3, 1, -2, -1, 0, -1, 4, 0, 0, -1, -3, -2, -1, -2, 4),
+)
-
-_RAW_BLOSUM62_DATA=(
- (4,-2,0,-2,-1,-2,0,-2,-1,-1,-1,-1,-2,-1,-1,-1,1,0,0,-3,-1,-2),
- (-2,6,-3,6,2,-3,-1,-1,-3,-1,-4,-3,1,-1,0,-2,0,-1,-3,-4,-1,-3),
- (0,-3,9,-3,-4,-2,-3,-3,-1,-3,-1,-1,-3,-3,-3,-3,-1,-1,-1,-2,-1,-2),
- (-2,6,-3,6,2,-3,-1,-1,-3,-1,-4,-3,1,-1,0,-2,0,-1,-3,-4,-1,-3),
- (-1,2,-4,2,5,-3,-2,0,-3,1,-3,-2,0,-1,2,0,0,-1,-2,-3,-1,-2),
- (-2,-3,-2,-3,-3,6,-3,-1,0,-3,0,0,-3,-4,-3,-3,-2,-2,-1,1,-1,3),
- (0,-1,-3,-1,-2,-3,6,-2,-4,-2,-4,-3,0,-2,-2,-2,0,-2,-3,-2,-1,-3),
- (-2,-1,-3,-1,0,-1,-2,8,-3,-1,-3,-2,1,-2,0,0,-1,-2,-3,-2,-1,2),
- (-1,-3,-1,-3,-3,0,-4,-3,4,-3,2,1,-3,-3,-3,-3,-2,-1,3,-3,-1,-1),
- (-1,-1,-3,-1,1,-3,-2,-1,-3,5,-2,-1,0,-1,1,2,0,-1,-2,-3,-1,-2),
- (-1,-4,-1,-4,-3,0,-4,-3,2,-2,4,2,-3,-3,-2,-2,-2,-1,1,-2,-1,-1),
- (-1,-3,-1,-3,-2,0,-3,-2,1,-1,2,5,-2,-2,0,-1,-1,-1,1,-1,-1,-1),
- (-2,1,-3,1,0,-3,0,1,-3,0,-3,-2,6,-2,0,0,1,0,-3,-4,-1,-2),
- (-1,-1,-3,-1,-1,-4,-2,-2,-3,-1,-3,-2,-2,7,-1,-2,-1,-1,-2,-4,-1,-3),
- (-1,0,-3,0,2,-3,-2,0,-3,1,-2,0,0,-1,5,1,0,-1,-2,-2,-1,-1),
- (-1,-2,-3,-2,0,-3,-2,0,-3,2,-2,-1,0,-2,1,5,-1,-1,-3,-3,-1,-2),
- (1,0,-1,0,0,-2,0,-1,-2,0,-2,-1,1,-1,0,-1,4,1,-2,-3,-1,-2),
- (0,-1,-1,-1,-1,-2,-2,-2,-1,-1,-1,-1,0,-1,-1,-1,1,5,0,-2,-1,-2),
- (0,-3,-1,-3,-2,-1,-3,-3,3,-2,1,1,-3,-2,-2,-3,-2,0,4,-3,-1,-1),
- (-3,-4,-2,-4,-3,1,-2,-2,-3,-3,-2,-1,-4,-4,-2,-3,-3,-2,-3,11,-1,2),
- (-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1),
- (-2,-3,-2,-3,-2,3,-3,2,-1,-2,-1,-1,-2,-3,-1,-2,-2,-2,-1,2,-1,7),
- (-1,2,-4,2,5,-3,-2,0,-3,1,-3,-2,0,-1,2,0,0,-1,-2,-3,-1,-2),
+_RAW_BLOSUM62_DATA=(
+ ( 4, -2, 0, -2, -1, -2, 0, -2, -1, -1, -1, -1, -2, -1, -1, -1, 1, 0, 0, -3, 0, -2, -1),
+ (-2, 4, -3, 4, 1, -3, -1, 0, -3, 0, -4, -3, 3, -2, 0, -1, 0, -1, -3, -4, -1, -3, 1),
+ ( 0, -3, 9, -3, -4, -2, -3, -3, -1, -3, -1, -1, -3, -3, -3, -3, -1, -1, -1, -2, -2, -2, -3),
+ (-2, 4, -3, 6, 2, -3, -1, -1, -3, -1, -4, -3, 1, -1, 0, -2, 0, -1, -3, -4, -1, -3, 1),
+ (-1, 1, -4, 2, 5, -3, -2, 0, -3, 1, -3, -2, 0, -1, 2, 0, 0, -1, -2, -3, -1, -2, 4),
+ (-2, -3, -2, -3, -3, 6, -3, -1, 0, -3, 0, 0, -3, -4, -3, -3, -2, -2, -1, 1, -1, 3, -3),
+ ( 0, -1, -3, -1, -2, -3, 6, -2, -4, -2, -4, -3, 0, -2, -2, -2, 0, -2, -3, -2, -1, -3, -2),
+ (-2, 0, -3, -1, 0, -1, -2, 8, -3, -1, -3, -2, 1, -2, 0, 0, -1, -2, -3, -2, -1, 2, 0),
+ (-1, -3, -1, -3, -3, 0, -4, -3, 4, -3, 2, 1, -3, -3, -3, -3, -2, -1, 3, -3, -1, -1, -3),
+ (-1, 0, -3, -1, 1, -3, -2, -1, -3, 5, -2, -1, 0, -1, 1, 2, 0, -1, -2, -3, -1, -2, 1),
+ (-1, -4, -1, -4, -3, 0, -4, -3, 2, -2, 4, 2, -3, -3, -2, -2, -2, -1, 1, -2, -1, -1, -3),
+ (-1, -3, -1, -3, -2, 0, -3, -2, 1, -1, 2, 5, -2, -2, 0, -1, -1, -1, 1, -1, -1, -1, -1),
+ (-2, 3, -3, 1, 0, -3, 0, 1, -3, 0, -3, -2, 6, -2, 0, 0, 1, 0, -3, -4, -1, -2, 0),
+ (-1, -2, -3, -1, -1, -4, -2, -2, -3, -1, -3, -2, -2, 7, -1, -2, -1, -1, -2, -4, -2, -3, -1),
+ (-1, 0, -3, 0, 2, -3, -2, 0, -3, 1, -2, 0, 0, -1, 5, 1, 0, -1, -2, -2, -1, -1, 3),
+ (-1, -1, -3, -2, 0, -3, -2, 0, -3, 2, -2, -1, 0, -2, 1, 5, -1, -1, -3, -3, -1, -2, 0),
+ ( 1, 0, -1, 0, 0, -2, 0, -1, -2, 0, -2, -1, 1, -1, 0, -1, 4, 1, -2, -3, 0, -2, 0),
+ ( 0, -1, -1, -1, -1, -2, -2, -2, -1, -1, -1, -1, 0, -1, -1, -1, 1, 5, 0, -2, 0, -2, -1),
+ ( 0, -3, -1, -3, -2, -1, -3, -3, 3, -2, 1, 1, -3, -2, -2, -3, -2, 0, 4, -3, -1, -1, -2),
+ (-3, -4, -2, -4, -3, 1, -2, -2, -3, -3, -2, -1, -4, -4, -2, -3, -3, -2, -3, 11, -2, 2, -3),
+ ( 0, -1, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -2, -1, -1, 0, 0, -1, -2, -1, -1, -1),
+ (-2, -3, -2, -3, -2, 3, -3, 2, -1, -2, -1, -1, -2, -3, -1, -2, -2, -2, -1, 2, -1, 7, -2),
+ (-1, 1, -3, 1, 4, -3, -2, 0, -3, 1, -3, -1, 0, -1, 3, 0, 0, -1, -2, -3, -1, -2, 4),
+)
+
+_RAW_BLOSUM80_DATA=(
+ ( 7, -3, -1, -3, -2, -4, 0, -3, -3, -1, -3, -2, -3, -1, -2, -3, 2, 0, -1, -5, -1, -4, -2),
+ (-3, 6, -6, 6, 1, -6, -2, -1, -6, -1, -7, -5, 5, -4, -1, -2, 0, -1, -6, -8, -3, -5, 0),
+ (-1, -6, 13, -7, -7, -4, -6, -7, -2, -6, -3, -3, -5, -6, -5, -6, -2, -2, -2, -5, -4, -5, -7),
+ (-3, 6, -7, 10, 2, -6, -3, -2, -7, -2, -7, -6, 2, -3, -1, -3, -1, -2, -6, -8, -3, -6, 1),
+ (-2, 1, -7, 2, 8, -6, -4, 0, -6, 1, -6, -4, -1, -2, 3, -1, -1, -2, -4, -6, -2, -5, 6),
+ (-4, -6, -4, -6, -6, 10, -6, -2, -1, -5, 0, 0, -6, -6, -5, -5, -4, -4, -2, 0, -3, 4, -6),
+ ( 0, -2, -6, -3, -4, -6, 9, -4, -7, -3, -7, -5, -1, -5, -4, -4, -1, -3, -6, -6, -3, -6, -4),
+ (-3, -1, -7, -2, 0, -2, -4, 12, -6, -1, -5, -4, 1, -4, 1, 0, -2, -3, -5, -4, -2, 3, 0),
+ (-3, -6, -2, -7, -6, -1, -7, -6, 7, -5, 2, 2, -6, -5, -5, -5, -4, -2, 4, -5, -2, -3, -6),
+ (-1, -1, -6, -2, 1, -5, -3, -1, -5, 8, -4, -3, 0, -2, 2, 3, -1, -1, -4, -6, -2, -4, 1),
+ (-3, -7, -3, -7, -6, 0, -7, -5, 2, -4, 6, 3, -6, -5, -4, -4, -4, -3, 1, -4, -2, -2, -5),
+ (-2, -5, -3, -6, -4, 0, -5, -4, 2, -3, 3, 9, -4, -4, -1, -3, -3, -1, 1, -3, -2, -3, -3),
+ (-3, 5, -5, 2, -1, -6, -1, 1, -6, 0, -6, -4, 9, -4, 0, -1, 1, 0, -5, -7, -2, -4, -1),
+ (-1, -4, -6, -3, -2, -6, -5, -4, -5, -2, -5, -4, -4, 12, -3, -3, -2, -3, -4, -7, -3, -6, -2),
+ (-2, -1, -5, -1, 3, -5, -4, 1, -5, 2, -4, -1, 0, -3, 9, 1, -1, -1, -4, -4, -2, -3, 5),
+ (-3, -2, -6, -3, -1, -5, -4, 0, -5, 3, -4, -3, -1, -3, 1, 9, -2, -2, -4, -5, -2, -4, 0),
+ ( 2, 0, -2, -1, -1, -4, -1, -2, -4, -1, -4, -3, 1, -2, -1, -2, 7, 2, -3, -6, -1, -3, -1),
+ ( 0, -1, -2, -2, -2, -4, -3, -3, -2, -1, -3, -1, 0, -3, -1, -2, 2, 8, 0, -5, -1, -3, -2),
+ (-1, -6, -2, -6, -4, -2, -6, -5, 4, -4, 1, 1, -5, -4, -4, -4, -3, 0, 7, -5, -2, -3, -4),
+ (-5, -8, -5, -8, -6, 0, -6, -4, -5, -6, -4, -3, -7, -7, -4, -5, -6, -5, -5, 16, -5, 3, -5),
+ (-1, -3, -4, -3, -2, -3, -3, -2, -2, -2, -2, -2, -2, -3, -2, -2, -1, -1, -2, -5, -2, -3, -1),
+ (-4, -5, -5, -6, -5, 4, -6, 3, -3, -4, -2, -3, -4, -6, -3, -4, -3, -3, -3, 3, -3, 11, -4),
+ (-2, 0, -7, 1, 6, -6, -4, 0, -6, 1, -5, -3, -1, -2, 5, 0, -1, -2, -4, -5, -1, -4, 6),
+)
+
+_RAW_BLOSUM100_DATA=(
+ ( 8, -4, -2, -5, -3, -5, -1, -4, -4, -2, -4, -3, -4, -2, -2, -3, 1, -1, -2, -6, -2, -5, -2),
+ (-4, 6, -7, 6, 0, -7, -3, -2, -8, -2, -8, -7, 5, -5, -2, -4, -1, -2, -7, -9, -4, -6, 0),
+ (-2, -7, 14, -8, -9, -4, -7, -8, -3, -8, -5, -4, -5, -8, -7, -8, -3, -3, -3, -7, -5, -6, -8),
+ (-5, 6, -8, 10, 2, -8, -4, -3, -8, -3, -8, -8, 1, -5, -2, -5, -2, -4, -8,-10, -4, -7, 0),
+ (-3, 0, -9, 2, 10, -8, -6, -2, -7, 0, -7, -5, -2, -4, 2, -2, -2, -3, -5, -8, -3, -7, 7),
+ (-5, -7, -4, -8, -8, 11, -8, -4, -2, -6, 0, -1, -7, -7, -6, -6, -5, -5, -3, 0, -4, 4, -7),
+ (-1, -3, -7, -4, -6, -8, 9, -6, -9, -5, -8, -7, -2, -6, -5, -6, -2, -5, -8, -7, -4, -8, -5),
+ (-4, -2, -8, -3, -2, -4, -6, 13, -7, -3, -6, -5, 0, -5, 1, -1, -3, -4, -7, -5, -4, 1, -1),
+ (-4, -8, -3, -8, -7, -2, -9, -7, 8, -6, 2, 1, -7, -7, -6, -7, -5, -3, 4, -6, -3, -4, -7),
+ (-2, -2, -8, -3, 0, -6, -5, -3, -6, 10, -6, -4, -1, -3, 2, 3, -2, -3, -5, -8, -3, -5, 0),
+ (-4, -8, -5, -8, -7, 0, -8, -6, 2, -6, 8, 3, -7, -7, -5, -6, -6, -4, 0, -5, -3, -4, -6),
+ (-3, -7, -4, -8, -5, -1, -7, -5, 1, -4, 3, 12, -5, -5, -2, -4, -4, -2, 0, -4, -3, -5, -4),
+ (-4, 5, -5, 1, -2, -7, -2, 0, -7, -1, -7, -5, 11, -5, -1, -2, 0, -1, -7, -8, -3, -5, -2),
+ (-2, -5, -8, -5, -4, -7, -6, -5, -7, -3, -7, -5, -5, 12, -4, -5, -3, -4, -6, -8, -4, -7, -4),
+ (-2, -2, -7, -2, 2, -6, -5, 1, -6, 2, -5, -2, -1, -4, 11, 0, -2, -3, -5, -5, -2, -4, 5),
+ (-3, -4, -8, -5, -2, -6, -6, -1, -7, 3, -6, -4, -2, -5, 0, 10, -3, -3, -6, -7, -3, -5, -1),
+ ( 1, -1, -3, -2, -2, -5, -2, -3, -5, -2, -6, -4, 0, -3, -2, -3, 9, 2, -4, -7, -2, -5, -2),
+ (-1, -2, -3, -4, -3, -5, -5, -4, -3, -3, -4, -2, -1, -4, -3, -3, 2, 9, -1, -7, -2, -5, -3),
+ (-2, -7, -3, -8, -5, -3, -8, -7, 4, -5, 0, 0, -7, -6, -5, -6, -4, -1, 8, -5, -3, -5, -5),
+ (-6, -9, -7, 10, -8, 0, -7, -5, -6, -8, -5, -4, -8, -8, -5, -7, -7, -7, -5, 17, -6, 2, -7),
+ (-2, -4, -5, -4, -3, -4, -4, -4, -3, -3, -3, -3, -3, -4, -2, -3, -2, -2, -3, -6, -3, -4, -2),
+ (-5, -6, -6, -7, -7, 4, -8, 1, -4, -5, -4, -5, -5, -7, -4, -5, -5, -5, -5, 2, -4, 12, -6),
+ (-2, 0, -8, 0, 7, -7, -5, -1, -7, 0, -6, -4, -2, -4, 5, -1, -2, -3, -5, -7, -2, -6, 6),
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