diff --git a/modules/seq/alg/pymod/mat.py b/modules/seq/alg/pymod/mat.py
index d500be8fd614befbaa84af003fe9e0c47042e1d9..f79bf8326891d5aa9bab92724a5cf781c97cde0a 100644
--- a/modules/seq/alg/pymod/mat.py
+++ b/modules/seq/alg/pymod/mat.py
@@ -1,125 +1,13 @@
from ost.seq.alg import SubstWeightMatrix
-def _InitMatrix(data):
- """
- Initialise a new substitution weight matrix with the weights in data. data
- must be a 24x24 array of ints.
- """
- mat=SubstWeightMatrix()
- # string of valid amino acid one letter codes
- chars='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWXYZ'
- for i, row in enumerate(data):
- for j, weight in enumerate(row):
- mat.SetWeight(chars[i], chars[j], weight)
+def _InitMatrix(preset_enum):
+ mat = SubstWeightMatrix()
+ mat.AssignPreset(preset_enum)
return mat
-_RAW_BLOSUM45_DATA=(
- ( 5, -1, -1, -2, -1, -2, 0, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -2, 1, 0, 0, -2, 0, -2, -1),
- (-1, 4, -2, 5, 1, -3, -1, 0, -3, 0, -3, -2, 4, -2, 0, -1, 0, 0, -3, -4, -1, -2, 2),
- (-1, -2, 12, -3, -3, -2, -3, -3, -3, -3, -2, -2, -2, -4, -3, -3, -1, -1, -1, -5, -2, -3, -3),
- (-2, 5, -3, 7, 2, -4, -1, 0, -4, 0, -3, -3, 2, -1, 0, -1, 0, -1, -3, -4, -1, -2, 1),
- (-1, 1, -3, 2, 6, -3, -2, 0, -3, 1, -2, -2, 0, 0, 2, 0, 0, -1, -3, -3, -1, -2, 4),
- (-2, -3, -2, -4, -3, 8, -3, -2, 0, -3, 1, 0, -2, -3, -4, -2, -2, -1, 0, 1, -1, 3, -3),
- ( 0, -1, -3, -1, -2, -3, 7, -2, -4, -2, -3, -2, 0, -2, -2, -2, 0, -2, -3, -2, -1, -3, -2),
- (-2, 0, -3, 0, 0, -2, -2, 10, -3, -1, -2, 0, 1, -2, 1, 0, -1, -2, -3, -3, -1, 2, 0),
- (-1, -3, -3, -4, -3, 0, -4, -3, 5, -3, 2, 2, -2, -2, -2, -3, -2, -1, 3, -2, -1, 0, -3),
- (-1, 0, -3, 0, 1, -3, -2, -1, -3, 5, -3, -1, 0, -1, 1, 3, -1, -1, -2, -2, -1, -1, 1),
- (-1, -3, -2, -3, -2, 1, -3, -2, 2, -3, 5, 2, -3, -3, -2, -2, -3, -1, 1, -2, -1, 0, -2),
- (-1, -2, -2, -3, -2, 0, -2, 0, 2, -1, 2, 6, -2, -2, 0, -1, -2, -1, 1, -2, -1, 0, -1),
- (-1, 4, -2, 2, 0, -2, 0, 1, -2, 0, -3, -2, 6, -2, 0, 0, 1, 0, -3, -4, -1, -2, 0),
- (-1, -2, -4, -1, 0, -3, -2, -2, -2, -1, -3, -2, -2, 9, -1, -2, -1, -1, -3, -3, -1, -3, -1),
- (-1, 0, -3, 0, 2, -4, -2, 1, -2, 1, -2, 0, 0, -1, 6, 1, 0, -1, -3, -2, -1, -1, 4),
- (-2, -1, -3, -1, 0, -2, -2, 0, -3, 3, -2, -1, 0, -2, 1, 7, -1, -1, -2, -2, -1, -1, 0),
- ( 1, 0, -1, 0, 0, -2, 0, -1, -2, -1, -3, -2, 1, -1, 0, -1, 4, 2, -1, -4, 0, -2, 0),
- ( 0, 0, -1, -1, -1, -1, -2, -2, -1, -1, -1, -1, 0, -1, -1, -1, 2, 5, 0, -3, 0, -1, -1),
- ( 0, -3, -1, -3, -3, 0, -3, -3, 3, -2, 1, 1, -3, -3, -3, -2, -1, 0, 5, -3, -1, -1, -3),
- (-2, -4, -5, -4, -3, 1, -2, -3, -2, -2, -2, -2, -4, -3, -2, -2, -4, -3, -3, 15, -2, 3, -2),
- ( 0, -1, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, 0, 0, -1, -2, -1, -1, -1),
- (-2, -2, -3, -2, -2, 3, -3, 2, 0, -1, 0, 0, -2, -3, -1, -1, -2, -1, -1, 3, -1, 8, -2),
- (-1, 2, -3, 1, 4, -3, -2, 0, -3, 1, -2, -1, 0, -1, 4, 0, 0, -1, -3, -2, -1, -2, 4),
-)
-
-_RAW_BLOSUM62_DATA=(
- ( 4, -2, 0, -2, -1, -2, 0, -2, -1, -1, -1, -1, -2, -1, -1, -1, 1, 0, 0, -3, 0, -2, -1),
- (-2, 4, -3, 4, 1, -3, -1, 0, -3, 0, -4, -3, 3, -2, 0, -1, 0, -1, -3, -4, -1, -3, 1),
- ( 0, -3, 9, -3, -4, -2, -3, -3, -1, -3, -1, -1, -3, -3, -3, -3, -1, -1, -1, -2, -2, -2, -3),
- (-2, 4, -3, 6, 2, -3, -1, -1, -3, -1, -4, -3, 1, -1, 0, -2, 0, -1, -3, -4, -1, -3, 1),
- (-1, 1, -4, 2, 5, -3, -2, 0, -3, 1, -3, -2, 0, -1, 2, 0, 0, -1, -2, -3, -1, -2, 4),
- (-2, -3, -2, -3, -3, 6, -3, -1, 0, -3, 0, 0, -3, -4, -3, -3, -2, -2, -1, 1, -1, 3, -3),
- ( 0, -1, -3, -1, -2, -3, 6, -2, -4, -2, -4, -3, 0, -2, -2, -2, 0, -2, -3, -2, -1, -3, -2),
- (-2, 0, -3, -1, 0, -1, -2, 8, -3, -1, -3, -2, 1, -2, 0, 0, -1, -2, -3, -2, -1, 2, 0),
- (-1, -3, -1, -3, -3, 0, -4, -3, 4, -3, 2, 1, -3, -3, -3, -3, -2, -1, 3, -3, -1, -1, -3),
- (-1, 0, -3, -1, 1, -3, -2, -1, -3, 5, -2, -1, 0, -1, 1, 2, 0, -1, -2, -3, -1, -2, 1),
- (-1, -4, -1, -4, -3, 0, -4, -3, 2, -2, 4, 2, -3, -3, -2, -2, -2, -1, 1, -2, -1, -1, -3),
- (-1, -3, -1, -3, -2, 0, -3, -2, 1, -1, 2, 5, -2, -2, 0, -1, -1, -1, 1, -1, -1, -1, -1),
- (-2, 3, -3, 1, 0, -3, 0, 1, -3, 0, -3, -2, 6, -2, 0, 0, 1, 0, -3, -4, -1, -2, 0),
- (-1, -2, -3, -1, -1, -4, -2, -2, -3, -1, -3, -2, -2, 7, -1, -2, -1, -1, -2, -4, -2, -3, -1),
- (-1, 0, -3, 0, 2, -3, -2, 0, -3, 1, -2, 0, 0, -1, 5, 1, 0, -1, -2, -2, -1, -1, 3),
- (-1, -1, -3, -2, 0, -3, -2, 0, -3, 2, -2, -1, 0, -2, 1, 5, -1, -1, -3, -3, -1, -2, 0),
- ( 1, 0, -1, 0, 0, -2, 0, -1, -2, 0, -2, -1, 1, -1, 0, -1, 4, 1, -2, -3, 0, -2, 0),
- ( 0, -1, -1, -1, -1, -2, -2, -2, -1, -1, -1, -1, 0, -1, -1, -1, 1, 5, 0, -2, 0, -2, -1),
- ( 0, -3, -1, -3, -2, -1, -3, -3, 3, -2, 1, 1, -3, -2, -2, -3, -2, 0, 4, -3, -1, -1, -2),
- (-3, -4, -2, -4, -3, 1, -2, -2, -3, -3, -2, -1, -4, -4, -2, -3, -3, -2, -3, 11, -2, 2, -3),
- ( 0, -1, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -2, -1, -1, 0, 0, -1, -2, -1, -1, -1),
- (-2, -3, -2, -3, -2, 3, -3, 2, -1, -2, -1, -1, -2, -3, -1, -2, -2, -2, -1, 2, -1, 7, -2),
- (-1, 1, -3, 1, 4, -3, -2, 0, -3, 1, -3, -1, 0, -1, 3, 0, 0, -1, -2, -3, -1, -2, 4),
-)
+BLOSUM45 = _InitMatrix(SubstWeightMatrix.Preset.BLOSUM45)
+BLOSUM62 = _InitMatrix(SubstWeightMatrix.Preset.BLOSUM62)
+BLOSUM80 = _InitMatrix(SubstWeightMatrix.Preset.BLOSUM80)
+BLOSUM100 = _InitMatrix(SubstWeightMatrix.Preset.BLOSUM100)
-_RAW_BLOSUM80_DATA=(
- ( 7, -3, -1, -3, -2, -4, 0, -3, -3, -1, -3, -2, -3, -1, -2, -3, 2, 0, -1, -5, -1, -4, -2),
- (-3, 6, -6, 6, 1, -6, -2, -1, -6, -1, -7, -5, 5, -4, -1, -2, 0, -1, -6, -8, -3, -5, 0),
- (-1, -6, 13, -7, -7, -4, -6, -7, -2, -6, -3, -3, -5, -6, -5, -6, -2, -2, -2, -5, -4, -5, -7),
- (-3, 6, -7, 10, 2, -6, -3, -2, -7, -2, -7, -6, 2, -3, -1, -3, -1, -2, -6, -8, -3, -6, 1),
- (-2, 1, -7, 2, 8, -6, -4, 0, -6, 1, -6, -4, -1, -2, 3, -1, -1, -2, -4, -6, -2, -5, 6),
- (-4, -6, -4, -6, -6, 10, -6, -2, -1, -5, 0, 0, -6, -6, -5, -5, -4, -4, -2, 0, -3, 4, -6),
- ( 0, -2, -6, -3, -4, -6, 9, -4, -7, -3, -7, -5, -1, -5, -4, -4, -1, -3, -6, -6, -3, -6, -4),
- (-3, -1, -7, -2, 0, -2, -4, 12, -6, -1, -5, -4, 1, -4, 1, 0, -2, -3, -5, -4, -2, 3, 0),
- (-3, -6, -2, -7, -6, -1, -7, -6, 7, -5, 2, 2, -6, -5, -5, -5, -4, -2, 4, -5, -2, -3, -6),
- (-1, -1, -6, -2, 1, -5, -3, -1, -5, 8, -4, -3, 0, -2, 2, 3, -1, -1, -4, -6, -2, -4, 1),
- (-3, -7, -3, -7, -6, 0, -7, -5, 2, -4, 6, 3, -6, -5, -4, -4, -4, -3, 1, -4, -2, -2, -5),
- (-2, -5, -3, -6, -4, 0, -5, -4, 2, -3, 3, 9, -4, -4, -1, -3, -3, -1, 1, -3, -2, -3, -3),
- (-3, 5, -5, 2, -1, -6, -1, 1, -6, 0, -6, -4, 9, -4, 0, -1, 1, 0, -5, -7, -2, -4, -1),
- (-1, -4, -6, -3, -2, -6, -5, -4, -5, -2, -5, -4, -4, 12, -3, -3, -2, -3, -4, -7, -3, -6, -2),
- (-2, -1, -5, -1, 3, -5, -4, 1, -5, 2, -4, -1, 0, -3, 9, 1, -1, -1, -4, -4, -2, -3, 5),
- (-3, -2, -6, -3, -1, -5, -4, 0, -5, 3, -4, -3, -1, -3, 1, 9, -2, -2, -4, -5, -2, -4, 0),
- ( 2, 0, -2, -1, -1, -4, -1, -2, -4, -1, -4, -3, 1, -2, -1, -2, 7, 2, -3, -6, -1, -3, -1),
- ( 0, -1, -2, -2, -2, -4, -3, -3, -2, -1, -3, -1, 0, -3, -1, -2, 2, 8, 0, -5, -1, -3, -2),
- (-1, -6, -2, -6, -4, -2, -6, -5, 4, -4, 1, 1, -5, -4, -4, -4, -3, 0, 7, -5, -2, -3, -4),
- (-5, -8, -5, -8, -6, 0, -6, -4, -5, -6, -4, -3, -7, -7, -4, -5, -6, -5, -5, 16, -5, 3, -5),
- (-1, -3, -4, -3, -2, -3, -3, -2, -2, -2, -2, -2, -2, -3, -2, -2, -1, -1, -2, -5, -2, -3, -1),
- (-4, -5, -5, -6, -5, 4, -6, 3, -3, -4, -2, -3, -4, -6, -3, -4, -3, -3, -3, 3, -3, 11, -4),
- (-2, 0, -7, 1, 6, -6, -4, 0, -6, 1, -5, -3, -1, -2, 5, 0, -1, -2, -4, -5, -1, -4, 6),
-)
-
-_RAW_BLOSUM100_DATA=(
- ( 8, -4, -2, -5, -3, -5, -1, -4, -4, -2, -4, -3, -4, -2, -2, -3, 1, -1, -2, -6, -2, -5, -2),
- (-4, 6, -7, 6, 0, -7, -3, -2, -8, -2, -8, -7, 5, -5, -2, -4, -1, -2, -7, -9, -4, -6, 0),
- (-2, -7, 14, -8, -9, -4, -7, -8, -3, -8, -5, -4, -5, -8, -7, -8, -3, -3, -3, -7, -5, -6, -8),
- (-5, 6, -8, 10, 2, -8, -4, -3, -8, -3, -8, -8, 1, -5, -2, -5, -2, -4, -8,-10, -4, -7, 0),
- (-3, 0, -9, 2, 10, -8, -6, -2, -7, 0, -7, -5, -2, -4, 2, -2, -2, -3, -5, -8, -3, -7, 7),
- (-5, -7, -4, -8, -8, 11, -8, -4, -2, -6, 0, -1, -7, -7, -6, -6, -5, -5, -3, 0, -4, 4, -7),
- (-1, -3, -7, -4, -6, -8, 9, -6, -9, -5, -8, -7, -2, -6, -5, -6, -2, -5, -8, -7, -4, -8, -5),
- (-4, -2, -8, -3, -2, -4, -6, 13, -7, -3, -6, -5, 0, -5, 1, -1, -3, -4, -7, -5, -4, 1, -1),
- (-4, -8, -3, -8, -7, -2, -9, -7, 8, -6, 2, 1, -7, -7, -6, -7, -5, -3, 4, -6, -3, -4, -7),
- (-2, -2, -8, -3, 0, -6, -5, -3, -6, 10, -6, -4, -1, -3, 2, 3, -2, -3, -5, -8, -3, -5, 0),
- (-4, -8, -5, -8, -7, 0, -8, -6, 2, -6, 8, 3, -7, -7, -5, -6, -6, -4, 0, -5, -3, -4, -6),
- (-3, -7, -4, -8, -5, -1, -7, -5, 1, -4, 3, 12, -5, -5, -2, -4, -4, -2, 0, -4, -3, -5, -4),
- (-4, 5, -5, 1, -2, -7, -2, 0, -7, -1, -7, -5, 11, -5, -1, -2, 0, -1, -7, -8, -3, -5, -2),
- (-2, -5, -8, -5, -4, -7, -6, -5, -7, -3, -7, -5, -5, 12, -4, -5, -3, -4, -6, -8, -4, -7, -4),
- (-2, -2, -7, -2, 2, -6, -5, 1, -6, 2, -5, -2, -1, -4, 11, 0, -2, -3, -5, -5, -2, -4, 5),
- (-3, -4, -8, -5, -2, -6, -6, -1, -7, 3, -6, -4, -2, -5, 0, 10, -3, -3, -6, -7, -3, -5, -1),
- ( 1, -1, -3, -2, -2, -5, -2, -3, -5, -2, -6, -4, 0, -3, -2, -3, 9, 2, -4, -7, -2, -5, -2),
- (-1, -2, -3, -4, -3, -5, -5, -4, -3, -3, -4, -2, -1, -4, -3, -3, 2, 9, -1, -7, -2, -5, -3),
- (-2, -7, -3, -8, -5, -3, -8, -7, 4, -5, 0, 0, -7, -6, -5, -6, -4, -1, 8, -5, -3, -5, -5),
- (-6, -9, -7, 10, -8, 0, -7, -5, -6, -8, -5, -4, -8, -8, -5, -7, -7, -7, -5, 17, -6, 2, -7),
- (-2, -4, -5, -4, -3, -4, -4, -4, -3, -3, -3, -3, -3, -4, -2, -3, -2, -2, -3, -6, -3, -4, -2),
- (-5, -6, -6, -7, -7, 4, -8, 1, -4, -5, -4, -5, -5, -7, -4, -5, -5, -5, -5, 2, -4, 12, -6),
- (-2, 0, -8, 0, 7, -7, -5, -1, -7, 0, -6, -4, -2, -4, 5, -1, -2, -3, -5, -7, -2, -6, 6),
-)
-
-BLOSUM45=_InitMatrix(_RAW_BLOSUM45_DATA)
-BLOSUM62=_InitMatrix(_RAW_BLOSUM62_DATA)
-BLOSUM80=_InitMatrix(_RAW_BLOSUM80_DATA)
-BLOSUM100=_InitMatrix(_RAW_BLOSUM100_DATA)
-
-__all__=['BLOSUM45','BLOSUM62','BLOSUM80','BLOSUM100']
\ No newline at end of file
+__all__=['BLOSUM45','BLOSUM62','BLOSUM80','BLOSUM100']
diff --git a/modules/seq/alg/pymod/wrap_seq_alg.cc b/modules/seq/alg/pymod/wrap_seq_alg.cc
index 37d1609b771b0ad07ff93e1cd5c849243a2525bc..46b2123845e72545477e5d6daa3b4111c1256102 100644
--- a/modules/seq/alg/pymod/wrap_seq_alg.cc
+++ b/modules/seq/alg/pymod/wrap_seq_alg.cc
@@ -58,13 +58,6 @@ BOOST_PYTHON_MODULE(_ost_seq_alg)
.def("GetInsertions", &InsDel::GetInsertions)
;
- class_<SubstWeightMatrix, SubstWeightMatrixPtr>("SubstWeightMatrix", init<>())
- .def("GetWeight", &SubstWeightMatrix::GetWeight)
- .def("SetWeight", &SubstWeightMatrix::SetWeight)
- .def("GetMinWeight", &SubstWeightMatrix::GetMinWeight)
- .def("GetMaxWeight", &SubstWeightMatrix::GetMaxWeight)
- ;
-
def("MergePairwiseAlignments", &MergePairwiseAlignments);
def("Conservation", &Conservation, (arg("assign")=true, arg("prop_name")="cons", arg("ignore_gap")=false));
def("LocalAlign", &LocalAlign, (arg("seq1"), arg("seq2"),arg("subst_weight"),
@@ -75,4 +68,20 @@ BOOST_PYTHON_MODULE(_ost_seq_alg)
arg("gap_open")=-5, arg("gap_ext")=-2));
def("ShannonEntropy", &ShannonEntropy, (arg("aln"), arg("ignore_gaps")=true));
+
+ scope mat_scope = class_<SubstWeightMatrix, SubstWeightMatrixPtr>("SubstWeightMatrix", init<>())
+ .def("GetWeight", &SubstWeightMatrix::GetWeight)
+ .def("SetWeight", &SubstWeightMatrix::SetWeight)
+ .def("GetMinWeight", &SubstWeightMatrix::GetMinWeight)
+ .def("GetMaxWeight", &SubstWeightMatrix::GetMaxWeight)
+ .def("AssignPreset", &SubstWeightMatrix::AssignPreset)
+ ;
+
+ enum_<SubstWeightMatrix::Preset>("Preset")
+ .value("BLOSUM45", SubstWeightMatrix::BLOSUM45)
+ .value("BLOSUM62", SubstWeightMatrix::BLOSUM62)
+ .value("BLOSUM80", SubstWeightMatrix::BLOSUM80)
+ .value("BLOSUM100", SubstWeightMatrix::BLOSUM100)
+ ;
+
}
diff --git a/modules/seq/alg/src/CMakeLists.txt b/modules/seq/alg/src/CMakeLists.txt
index 2124aa283530a09d78ac9bf0f9fe1b436527f023..ecce32a40214a08893720e58223555be66d2611c 100644
--- a/modules/seq/alg/src/CMakeLists.txt
+++ b/modules/seq/alg/src/CMakeLists.txt
@@ -23,12 +23,9 @@ sequence_identity.cc
sequence_similarity.cc
ins_del.cc
conservation.cc
+subst_weight_matrix.cc
)
-if (ENABLE_INFO)
- list (APPEND OST_SEQ_ALG_SOURCES subst_weight_matrix.cc)
-endif()
-
module(NAME seq_alg HEADER_OUTPUT_DIR ost/seq/alg SOURCES ${OST_SEQ_ALG_SOURCES}
HEADERS ${OST_SEQ_ALG_HEADERS} DEPENDS_ON ost_seq)
diff --git a/modules/seq/alg/src/subst_weight_matrix.cc b/modules/seq/alg/src/subst_weight_matrix.cc
index 85851ce2c6689a99b1a311f615019b35a0296c76..d8102aa230cf7e4acb738f716e823e8ebb4ab884 100644
--- a/modules/seq/alg/src/subst_weight_matrix.cc
+++ b/modules/seq/alg/src/subst_weight_matrix.cc
@@ -1,7 +1,7 @@
//------------------------------------------------------------------------------
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-// Copyright (C) 2008-2011 by the OpenStructure authors
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@@ -16,38 +16,155 @@
// along with this library; if not, write to the Free Software Foundation, Inc.,
// 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301 USA
//------------------------------------------------------------------------------
-#include <ost/info/info.hh>
+
#include "subst_weight_matrix.hh"
+#include <iostream>
-namespace ost { namespace seq { namespace alg {
+namespace{
-SubstWeightMatrixPtr SubstWeightMatrixFromInfo(const info::InfoGroup& group)
-{
- SubstWeightMatrixPtr m(new SubstWeightMatrix);
- info::InfoItemList weights=group.GetItems("Weight");
- for (info::InfoItemList::iterator i=weights.begin(),
- e=weights.end(); i!=e; ++i) {
- info::InfoItem item=*i;
- String from=item.GetAttribute("From");
- String to=item.GetAttribute("To");
- m->SetWeight(from[0], to[0], item.AsInt());
+short RAW_BLOSUM45_DATA[23][23]={
+ { 5, -1, -1, -2, -1, -2, 0, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -2, 1, 0, 0, -2, 0, -2, -1},
+ {-1, 4, -2, 5, 1, -3, -1, 0, -3, 0, -3, -2, 4, -2, 0, -1, 0, 0, -3, -4, -1, -2, 2},
+ {-1, -2, 12, -3, -3, -2, -3, -3, -3, -3, -2, -2, -2, -4, -3, -3, -1, -1, -1, -5, -2, -3, -3},
+ {-2, 5, -3, 7, 2, -4, -1, 0, -4, 0, -3, -3, 2, -1, 0, -1, 0, -1, -3, -4, -1, -2, 1},
+ {-1, 1, -3, 2, 6, -3, -2, 0, -3, 1, -2, -2, 0, 0, 2, 0, 0, -1, -3, -3, -1, -2, 4},
+ {-2, -3, -2, -4, -3, 8, -3, -2, 0, -3, 1, 0, -2, -3, -4, -2, -2, -1, 0, 1, -1, 3, -3},
+ { 0, -1, -3, -1, -2, -3, 7, -2, -4, -2, -3, -2, 0, -2, -2, -2, 0, -2, -3, -2, -1, -3, -2},
+ {-2, 0, -3, 0, 0, -2, -2, 10, -3, -1, -2, 0, 1, -2, 1, 0, -1, -2, -3, -3, -1, 2, 0},
+ {-1, -3, -3, -4, -3, 0, -4, -3, 5, -3, 2, 2, -2, -2, -2, -3, -2, -1, 3, -2, -1, 0, -3},
+ {-1, 0, -3, 0, 1, -3, -2, -1, -3, 5, -3, -1, 0, -1, 1, 3, -1, -1, -2, -2, -1, -1, 1},
+ {-1, -3, -2, -3, -2, 1, -3, -2, 2, -3, 5, 2, -3, -3, -2, -2, -3, -1, 1, -2, -1, 0, -2},
+ {-1, -2, -2, -3, -2, 0, -2, 0, 2, -1, 2, 6, -2, -2, 0, -1, -2, -1, 1, -2, -1, 0, -1},
+ {-1, 4, -2, 2, 0, -2, 0, 1, -2, 0, -3, -2, 6, -2, 0, 0, 1, 0, -3, -4, -1, -2, 0},
+ {-1, -2, -4, -1, 0, -3, -2, -2, -2, -1, -3, -2, -2, 9, -1, -2, -1, -1, -3, -3, -1, -3, -1},
+ {-1, 0, -3, 0, 2, -4, -2, 1, -2, 1, -2, 0, 0, -1, 6, 1, 0, -1, -3, -2, -1, -1, 4},
+ {-2, -1, -3, -1, 0, -2, -2, 0, -3, 3, -2, -1, 0, -2, 1, 7, -1, -1, -2, -2, -1, -1, 0},
+ { 1, 0, -1, 0, 0, -2, 0, -1, -2, -1, -3, -2, 1, -1, 0, -1, 4, 2, -1, -4, 0, -2, 0},
+ { 0, 0, -1, -1, -1, -1, -2, -2, -1, -1, -1, -1, 0, -1, -1, -1, 2, 5, 0, -3, 0, -1, -1},
+ { 0, -3, -1, -3, -3, 0, -3, -3, 3, -2, 1, 1, -3, -3, -3, -2, -1, 0, 5, -3, -1, -1, -3},
+ {-2, -4, -5, -4, -3, 1, -2, -3, -2, -2, -2, -2, -4, -3, -2, -2, -4, -3, -3, 15, -2, 3, -2},
+ { 0, -1, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, 0, 0, -1, -2, -1, -1, -1},
+ {-2, -2, -3, -2, -2, 3, -3, 2, 0, -1, 0, 0, -2, -3, -1, -1, -2, -1, -1, 3, -1, 8, -2},
+ {-1, 2, -3, 1, 4, -3, -2, 0, -3, 1, -2, -1, 0, -1, 4, 0, 0, -1, -3, -2, -1, -2, 4},
+};
+
+short RAW_BLOSUM62_DATA[23][23]={
+ { 4, -2, 0, -2, -1, -2, 0, -2, -1, -1, -1, -1, -2, -1, -1, -1, 1, 0, 0, -3, 0, -2, -1},
+ {-2, 4, -3, 4, 1, -3, -1, 0, -3, 0, -4, -3, 3, -2, 0, -1, 0, -1, -3, -4, -1, -3, 1},
+ { 0, -3, 9, -3, -4, -2, -3, -3, -1, -3, -1, -1, -3, -3, -3, -3, -1, -1, -1, -2, -2, -2, -3},
+ {-2, 4, -3, 6, 2, -3, -1, -1, -3, -1, -4, -3, 1, -1, 0, -2, 0, -1, -3, -4, -1, -3, 1},
+ {-1, 1, -4, 2, 5, -3, -2, 0, -3, 1, -3, -2, 0, -1, 2, 0, 0, -1, -2, -3, -1, -2, 4},
+ {-2, -3, -2, -3, -3, 6, -3, -1, 0, -3, 0, 0, -3, -4, -3, -3, -2, -2, -1, 1, -1, 3, -3},
+ { 0, -1, -3, -1, -2, -3, 6, -2, -4, -2, -4, -3, 0, -2, -2, -2, 0, -2, -3, -2, -1, -3, -2},
+ {-2, 0, -3, -1, 0, -1, -2, 8, -3, -1, -3, -2, 1, -2, 0, 0, -1, -2, -3, -2, -1, 2, 0},
+ {-1, -3, -1, -3, -3, 0, -4, -3, 4, -3, 2, 1, -3, -3, -3, -3, -2, -1, 3, -3, -1, -1, -3},
+ {-1, 0, -3, -1, 1, -3, -2, -1, -3, 5, -2, -1, 0, -1, 1, 2, 0, -1, -2, -3, -1, -2, 1},
+ {-1, -4, -1, -4, -3, 0, -4, -3, 2, -2, 4, 2, -3, -3, -2, -2, -2, -1, 1, -2, -1, -1, -3},
+ {-1, -3, -1, -3, -2, 0, -3, -2, 1, -1, 2, 5, -2, -2, 0, -1, -1, -1, 1, -1, -1, -1, -1},
+ {-2, 3, -3, 1, 0, -3, 0, 1, -3, 0, -3, -2, 6, -2, 0, 0, 1, 0, -3, -4, -1, -2, 0},
+ {-1, -2, -3, -1, -1, -4, -2, -2, -3, -1, -3, -2, -2, 7, -1, -2, -1, -1, -2, -4, -2, -3, -1},
+ {-1, 0, -3, 0, 2, -3, -2, 0, -3, 1, -2, 0, 0, -1, 5, 1, 0, -1, -2, -2, -1, -1, 3},
+ {-1, -1, -3, -2, 0, -3, -2, 0, -3, 2, -2, -1, 0, -2, 1, 5, -1, -1, -3, -3, -1, -2, 0},
+ { 1, 0, -1, 0, 0, -2, 0, -1, -2, 0, -2, -1, 1, -1, 0, -1, 4, 1, -2, -3, 0, -2, 0},
+ { 0, -1, -1, -1, -1, -2, -2, -2, -1, -1, -1, -1, 0, -1, -1, -1, 1, 5, 0, -2, 0, -2, -1},
+ { 0, -3, -1, -3, -2, -1, -3, -3, 3, -2, 1, 1, -3, -2, -2, -3, -2, 0, 4, -3, -1, -1, -2},
+ {-3, -4, -2, -4, -3, 1, -2, -2, -3, -3, -2, -1, -4, -4, -2, -3, -3, -2, -3, 11, -2, 2, -3},
+ { 0, -1, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -2, -1, -1, 0, 0, -1, -2, -1, -1, -1},
+ {-2, -3, -2, -3, -2, 3, -3, 2, -1, -2, -1, -1, -2, -3, -1, -2, -2, -2, -1, 2, -1, 7, -2},
+ {-1, 1, -3, 1, 4, -3, -2, 0, -3, 1, -3, -1, 0, -1, 3, 0, 0, -1, -2, -3, -1, -2, 4},
+};
+
+short RAW_BLOSUM80_DATA[23][23]={
+ { 7, -3, -1, -3, -2, -4, 0, -3, -3, -1, -3, -2, -3, -1, -2, -3, 2, 0, -1, -5, -1, -4, -2},
+ {-3, 6, -6, 6, 1, -6, -2, -1, -6, -1, -7, -5, 5, -4, -1, -2, 0, -1, -6, -8, -3, -5, 0},
+ {-1, -6, 13, -7, -7, -4, -6, -7, -2, -6, -3, -3, -5, -6, -5, -6, -2, -2, -2, -5, -4, -5, -7},
+ {-3, 6, -7, 10, 2, -6, -3, -2, -7, -2, -7, -6, 2, -3, -1, -3, -1, -2, -6, -8, -3, -6, 1},
+ {-2, 1, -7, 2, 8, -6, -4, 0, -6, 1, -6, -4, -1, -2, 3, -1, -1, -2, -4, -6, -2, -5, 6},
+ {-4, -6, -4, -6, -6, 10, -6, -2, -1, -5, 0, 0, -6, -6, -5, -5, -4, -4, -2, 0, -3, 4, -6},
+ { 0, -2, -6, -3, -4, -6, 9, -4, -7, -3, -7, -5, -1, -5, -4, -4, -1, -3, -6, -6, -3, -6, -4},
+ {-3, -1, -7, -2, 0, -2, -4, 12, -6, -1, -5, -4, 1, -4, 1, 0, -2, -3, -5, -4, -2, 3, 0},
+ {-3, -6, -2, -7, -6, -1, -7, -6, 7, -5, 2, 2, -6, -5, -5, -5, -4, -2, 4, -5, -2, -3, -6},
+ {-1, -1, -6, -2, 1, -5, -3, -1, -5, 8, -4, -3, 0, -2, 2, 3, -1, -1, -4, -6, -2, -4, 1},
+ {-3, -7, -3, -7, -6, 0, -7, -5, 2, -4, 6, 3, -6, -5, -4, -4, -4, -3, 1, -4, -2, -2, -5},
+ {-2, -5, -3, -6, -4, 0, -5, -4, 2, -3, 3, 9, -4, -4, -1, -3, -3, -1, 1, -3, -2, -3, -3},
+ {-3, 5, -5, 2, -1, -6, -1, 1, -6, 0, -6, -4, 9, -4, 0, -1, 1, 0, -5, -7, -2, -4, -1},
+ {-1, -4, -6, -3, -2, -6, -5, -4, -5, -2, -5, -4, -4, 12, -3, -3, -2, -3, -4, -7, -3, -6, -2},
+ {-2, -1, -5, -1, 3, -5, -4, 1, -5, 2, -4, -1, 0, -3, 9, 1, -1, -1, -4, -4, -2, -3, 5},
+ {-3, -2, -6, -3, -1, -5, -4, 0, -5, 3, -4, -3, -1, -3, 1, 9, -2, -2, -4, -5, -2, -4, 0},
+ { 2, 0, -2, -1, -1, -4, -1, -2, -4, -1, -4, -3, 1, -2, -1, -2, 7, 2, -3, -6, -1, -3, -1},
+ { 0, -1, -2, -2, -2, -4, -3, -3, -2, -1, -3, -1, 0, -3, -1, -2, 2, 8, 0, -5, -1, -3, -2},
+ {-1, -6, -2, -6, -4, -2, -6, -5, 4, -4, 1, 1, -5, -4, -4, -4, -3, 0, 7, -5, -2, -3, -4},
+ {-5, -8, -5, -8, -6, 0, -6, -4, -5, -6, -4, -3, -7, -7, -4, -5, -6, -5, -5, 16, -5, 3, -5},
+ {-1, -3, -4, -3, -2, -3, -3, -2, -2, -2, -2, -2, -2, -3, -2, -2, -1, -1, -2, -5, -2, -3, -1},
+ {-4, -5, -5, -6, -5, 4, -6, 3, -3, -4, -2, -3, -4, -6, -3, -4, -3, -3, -3, 3, -3, 11, -4},
+ {-2, 0, -7, 1, 6, -6, -4, 0, -6, 1, -5, -3, -1, -2, 5, 0, -1, -2, -4, -5, -1, -4, 6},
+};
+
+short RAW_BLOSUM100_DATA[23][23]={
+ { 8, -4, -2, -5, -3, -5, -1, -4, -4, -2, -4, -3, -4, -2, -2, -3, 1, -1, -2, -6, -2, -5, -2},
+ {-4, 6, -7, 6, 0, -7, -3, -2, -8, -2, -8, -7, 5, -5, -2, -4, -1, -2, -7, -9, -4, -6, 0},
+ {-2, -7, 14, -8, -9, -4, -7, -8, -3, -8, -5, -4, -5, -8, -7, -8, -3, -3, -3, -7, -5, -6, -8},
+ {-5, 6, -8, 10, 2, -8, -4, -3, -8, -3, -8, -8, 1, -5, -2, -5, -2, -4, -8,-10, -4, -7, 0},
+ {-3, 0, -9, 2, 10, -8, -6, -2, -7, 0, -7, -5, -2, -4, 2, -2, -2, -3, -5, -8, -3, -7, 7},
+ {-5, -7, -4, -8, -8, 11, -8, -4, -2, -6, 0, -1, -7, -7, -6, -6, -5, -5, -3, 0, -4, 4, -7},
+ {-1, -3, -7, -4, -6, -8, 9, -6, -9, -5, -8, -7, -2, -6, -5, -6, -2, -5, -8, -7, -4, -8, -5},
+ {-4, -2, -8, -3, -2, -4, -6, 13, -7, -3, -6, -5, 0, -5, 1, -1, -3, -4, -7, -5, -4, 1, -1},
+ {-4, -8, -3, -8, -7, -2, -9, -7, 8, -6, 2, 1, -7, -7, -6, -7, -5, -3, 4, -6, -3, -4, -7},
+ {-2, -2, -8, -3, 0, -6, -5, -3, -6, 10, -6, -4, -1, -3, 2, 3, -2, -3, -5, -8, -3, -5, 0},
+ {-4, -8, -5, -8, -7, 0, -8, -6, 2, -6, 8, 3, -7, -7, -5, -6, -6, -4, 0, -5, -3, -4, -6},
+ {-3, -7, -4, -8, -5, -1, -7, -5, 1, -4, 3, 12, -5, -5, -2, -4, -4, -2, 0, -4, -3, -5, -4},
+ {-4, 5, -5, 1, -2, -7, -2, 0, -7, -1, -7, -5, 11, -5, -1, -2, 0, -1, -7, -8, -3, -5, -2},
+ {-2, -5, -8, -5, -4, -7, -6, -5, -7, -3, -7, -5, -5, 12, -4, -5, -3, -4, -6, -8, -4, -7, -4},
+ {-2, -2, -7, -2, 2, -6, -5, 1, -6, 2, -5, -2, -1, -4, 11, 0, -2, -3, -5, -5, -2, -4, 5},
+ {-3, -4, -8, -5, -2, -6, -6, -1, -7, 3, -6, -4, -2, -5, 0, 10, -3, -3, -6, -7, -3, -5, -1},
+ { 1, -1, -3, -2, -2, -5, -2, -3, -5, -2, -6, -4, 0, -3, -2, -3, 9, 2, -4, -7, -2, -5, -2},
+ {-1, -2, -3, -4, -3, -5, -5, -4, -3, -3, -4, -2, -1, -4, -3, -3, 2, 9, -1, -7, -2, -5, -3},
+ {-2, -7, -3, -8, -5, -3, -8, -7, 4, -5, 0, 0, -7, -6, -5, -6, -4, -1, 8, -5, -3, -5, -5},
+ {-6, -9, -7, 10, -8, 0, -7, -5, -6, -8, -5, -4, -8, -8, -5, -7, -7, -7, -5, 17, -6, 2, -7},
+ {-2, -4, -5, -4, -3, -4, -4, -4, -3, -3, -3, -3, -3, -4, -2, -3, -2, -2, -3, -6, -3, -4, -2},
+ {-5, -6, -6, -7, -7, 4, -8, 1, -4, -5, -4, -5, -5, -7, -4, -5, -5, -5, -5, 2, -4, 12, -6},
+ {-2, 0, -8, 0, 7, -7, -5, -1, -7, 0, -6, -4, -2, -4, 5, -1, -2, -3, -5, -7, -2, -6, 6},
+};
+
+void FillData(ost::seq::alg::SubstWeightMatrix* subst, short (&data)[23][23]){
+ char chars[23] = {'A','B','C','D','E','F','G','H','I','K','L','M','N','P','Q',
+ 'R','S','T','V','W','X','Y','Z'};
+ for(uint i = 0; i < 23; ++i){
+ for(uint j = 0; j < 23; ++j){
+ subst->SetWeight(chars[i],chars[j],data[i][j]);
+ }
}
- return m;
}
-void SubstWeightMatrixToInfo(const SubstWeightMatrixPtr& subst_mat,
- info::InfoGroup& group)
+}
+
+namespace ost { namespace seq { namespace alg {
+
+void SubstWeightMatrix::AssignPreset(SubstWeightMatrix::Preset p)
{
- for (int i=0; i<SubstWeightMatrix::ALPHABET_SIZE; ++i) {
- for (int j=0; j<SubstWeightMatrix::ALPHABET_SIZE; ++j) {
- char from=char(i+'A');
- char to=char(j+'A');
- info::InfoItem item=group.CreateItem("Weight",
- subst_mat->GetWeight(from, to));
- item.SetAttribute("From", String(1, from));
- item.SetAttribute("To", String(1, to));
+ max_weight_ = 0;
+ min_weight_ = 0;
+ memset(weights_, 0, sizeof(WeightType)*ALPHABET_SIZE*ALPHABET_SIZE);
+
+ switch(p){
+ case BLOSUM45:{
+ FillData(this,RAW_BLOSUM45_DATA);
+ break;
+ }
+ case BLOSUM62:{
+ FillData(this,RAW_BLOSUM62_DATA);
+ break;
+ }
+ case BLOSUM80:{
+ FillData(this,RAW_BLOSUM80_DATA);
+ break;
+ }
+ case BLOSUM100:{
+ FillData(this,RAW_BLOSUM100_DATA);
+ break;
}
}
}
+
}}}
diff --git a/modules/seq/alg/src/subst_weight_matrix.hh b/modules/seq/alg/src/subst_weight_matrix.hh
index 7ccabc68f87a325c5d161623d2eff63446faf244..c3bb6d6057607b87969b1f7179614173f014b5da 100644
--- a/modules/seq/alg/src/subst_weight_matrix.hh
+++ b/modules/seq/alg/src/subst_weight_matrix.hh
@@ -23,9 +23,6 @@
#include <string.h>
#include <boost/shared_ptr.hpp>
#include <ost/config.hh>
-#if(OST_INFO_ENABLED)
-#include <ost/info/info_fw.hh>
-#endif
#include <ost/seq/alg/module_config.hh>
/*
@@ -43,6 +40,10 @@ class DLLEXPORT_OST_SEQ_ALG SubstWeightMatrix {
public:
typedef short WeightType;
const static int ALPHABET_SIZE='Z'-'A'+1;
+ enum Preset{BLOSUM45 = 0,
+ BLOSUM62 = 1,
+ BLOSUM80 = 2,
+ BLOSUM100 = 3};
/// \brief Initialize substitution matrix with zero.
///
/// In order to get a useful substitution weight matrix, use SetWeight().
@@ -51,6 +52,8 @@ public:
::memset(weights_, 0, sizeof(WeightType)*ALPHABET_SIZE*ALPHABET_SIZE);
}
+ void AssignPreset(Preset p);
+
/// \brief Get the substitution weight between two amino acids
///
/// If the amino acid single letter code is unknown (e.g. '?')
@@ -100,15 +103,6 @@ private:
WeightType min_weight_;
};
-#if(OST_INFO_ENABLED)
-SubstWeightMatrixPtr DLLEXPORT_OST_SEQ_ALG
-SubstWeightMatrixFromInfo(const info::InfoGroup& group);
-
-void DLLEXPORT_OST_SEQ_ALG
-SubstWeightMatrixToInfo(const SubstWeightMatrixPtr& subst_mat,
- info::InfoGroup& group);
-#endif
-
}}}
#endif