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  ##############################################################################
  ### Annotation
  ##############################################################################
  other_RNAs_sequence: "../annotation/txome_rRNAs_joao.fa"
  other_RNAs_index: "../annotation/txome_rRNAs_joao.idx"
  transcripts_sequence: "../annotation/hg38_refseq_20171127_rep.fa"
  transcripts_index: "../annotation/hg38_refseq_20171127_rep.idx"
  ##############################################################################
  ### Output and log directory
  ##############################################################################
  output_dir: "results"
  local_log: "results/local_log"
  cluster_log: "results/cluster_log"
  dir_created: "results/dir_created"
  ##############################################################################
  ### sample info
  ##############################################################################
  input_dir: "samples"
  input_reads_pattern: ".fastq.gz"
  sample: ["example"]
  example: {adapter: GATCGGAAGAGCACA}
...
