Added functions to predict contacts from MSAs.

modules/seq/alg/pymod/__init__.py

modules/seq/alg/pymod/wrap_seq_alg.cc

modules/seq/alg/src/CMakeLists.txt

modules/seq/alg/src/contact_prediction_score.cc

modules/seq/alg/src/contact_prediction_score.hh

modules/seq/alg/src/contact_weight_matrix.cc

modules/seq/alg/src/contact_weight_matrix.hh

modules/seq/alg/src/data/default_contact_weight_matrix.hh

modules/seq/alg/src/data/default_pair_subst_weight_matrix.hh

modules/seq/alg/src/pair_subst_weight_matrix.cc

modules/seq/alg/src/pair_subst_weight_matrix.hh