config.yaml

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  ### Annotation
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  organism: "Homo_sapiens"
  annotation: "../prepare_annotation/results/annotation.gtf"
  genome: "../prepare_annotation/results/genome.fa"
  annotation_filtered: "../prepare_annotation/results/filtered_transcripts.gtf"
  STAR_index: "../prepare_annotation/results/STAR_index/"
  other_RNAs_sequence: "../prepare_annotation/other.fa"
  other_RNAs_index: "../prepare_annotation/results/other_RNAs_sequence.idx"
  salmon_index: "../prepare_annotation/results/filtered_transcripts_salmon.idx/"
  ##############################################################################
  ### Output and log directories
  ##############################################################################
  database_path: "/scicore/home/zavolan/GROUP/Rna_Seq_pipeline/Blabla"
  STAR_idx_folder: "STAR_indices"
  output_dir: "results"
  star_indexes: "results"
  salmon_indexes: "results"
  kallisto_indexes: "results"
  local_log: "logs/local_log"
  cluster_log: "logs/cluster_log"
  
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  ### Sample info
  ##############################################################################
  samples: "../tests/samples.tsv"
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