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### Annotation
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annotation: "../prepare_annotation/results/annotation.gtf"
genome: "../prepare_annotation/results/genome.fa"
annotation_filtered: "../prepare_annotation/results/filtered_transcripts.gtf"
STAR_index: "../prepare_annotation/results/STAR_index/"
other_RNAs_sequence: "../prepare_annotation/other.fa"
other_RNAs_index: "../prepare_annotation/results/other_RNAs_sequence.idx"
salmon_index: "../prepare_annotation/results/filtered_transcripts_salmon.idx/"
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### Output and log directories
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database_path: "/scicore/home/zavolan/GROUP/Rna_Seq_pipeline/Blabla"
STAR_idx_folder: "STAR_indices"
BIOPZ-Gypas Foivos
committed
star_indexes: "results"
salmon_indexes: "results"
kallisto_indexes: "results"
local_log: "logs/local_log"
cluster_log: "logs/cluster_log"
BIOPZ-Gypas Foivos
committed
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### Sample info
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BIOPZ-Gypas Foivos
committed
samples: "../tests/samples.tsv"