Skip to content
Snippets Groups Projects
Commit 4f32afa7 authored by Studer Gabriel's avatar Studer Gabriel
Browse files

adapt testfiles with slightly different content when derived from HHblits 3

parent 1df9ec77
No related branches found
No related tags found
No related merge requests found
Hide whitespace changes
Inline Side-by-side
modules/bindings/tests/testfiles/test.hmm
+ 35
− 35
View file @ 4f32afa7
HHsearch 1.5
NAME Test
FAM
FILE test
COM /import/bc2/apps/HH-suite/2.0.16-goolf-1.4.10/bin/hhmake -i ../modules/bindings/tests/testfiles/testali.a3m -o test.hmm
DATE Mon Aug 31 11:37:41 2015
COM /scicore/soft/apps/HH-suite/3.2.0-foss-2018b-Boost-1.68.0-Python-3.6.6/bin/hhmake -i testfiles/testali.a3m -o testfiles/testali.hhm
DATE Fri Mar 20 11:58:32 2020
LENG 141 match states, 141 columns in multiple alignment
FILT 112 out of 255 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100)
FILT 112 out of 255 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20 -diff 100)
NEFF 9.3
SEQ
>ss_pred PSIPRED predicted secondary structure
......@@ -98,19 +98,19 @@ G 18 3766 7049 4191 3306 4893 5031 5890 4759 2692 4858 4741 4350 6086 4777 346
258 4118 3235 850 1168 2935 202 9332 1827 2044
A 19 2910 6335 3373 3864 * 4053 5684 6256 2601 6505 6772 * 2997 3506 4283 3488 4498 6210 * * 19
153 4100 4568 861 1154 1073 931 9175 1747 3490
153 4100 4568 861 1154 1073 931 9175 1746 3490
H 20 5751 * 2174 4627 5269 3790 3644 5356 3245 4600 6471 2595 6360 4665 4498 5610 6922 5517 6021 4989 20
36 5355 * 1361 711 224 2795 9237 1215 2928
A 21 3777 * 4702 5615 5098 3888 5184 4467 2604 3226 5230 5612 3495 5298 5134 3728 4896 4066 5079 4665 21
127 3718 6923 1356 715 * 0 9433 2200 1153
127 3718 6923 1356 715 * 0 9433 2199 1152
G 22 3783 * 2784 2705 * 4650 5552 5227 4274 5447 7004 3897 3644 3149 4627 5558 3491 4379 * * 22
77 4258 * 1618 569 1040 961 9433 1771 1462
E 23 3350 * 4160 1900 6504 3768 5221 5756 3864 5644 * 4326 5764 3864 3823 4167 3951 4980 * * 23
0 * * * * 0 * 9433 0 1153
0 * * * * 0 * 9433 0 1152
Y 24 3321 5664 6994 * 2411 * 3896 3008 * 3301 5362 3574 5612 5695 * 6063 4739 3024 6603 4118 24
0 * * * * * * 9438 0 0
......@@ -119,7 +119,7 @@ G 25 2802 6446 6086 6979 4990 939 6603 * 6452 4925 6462 * * * * 4419 3930 3627
11 7014 * 3000 193 * * 9438 1000 0
A 26 4114 6525 3406 4022 6462 6773 7035 4099 4022 3408 5885 4860 5762 3508 4219 3212 3042 3433 * * 26
30 5622 * 2937 202 * * 9438 1210 0
30 5622 * 2938 202 * * 9438 1210 0
E 27 3127 6446 3489 2993 6462 4760 4961 3759 3026 4286 6553 3721 * 4443 4235 4442 4065 5164 * 6398 27
36 6586 6152 1585 585 * * 9438 1020 0
......@@ -142,13 +142,13 @@ M 32 6350 6363 * * 2354 * * 3639 * 1171 3502 * * * * * 6646 3751 5575 4011 32
F 33 4975 5448 * 6460 806 * 6457 4755 * 2246 4801 6653 * 5535 * * * 5304 6634 * 33
63 * 4558 * * * 0 9385 0 1125
L 34 3330 * 4459 2124 6279 * * 6307 2936 5248 6733 3786 * 3717 4110 3393 3021 6810 * * 34
L 34 3330 * 4459 2124 6279 * * 6307 2936 5248 6733 3786 * 3717 4111 3393 3021 6810 * * 34
0 * * * * 463 1864 9210 0 1899
S 35 3265 6883 3754 3319 * * 4232 4216 2663 3422 4454 4935 * 4498 3486 3684 4464 6359 * 7001 35
11 * 6977 * * * 0 9370 0 1125
12 * 6977 * * * 0 9370 0 1125
F 36 3681 5226 3589 5133 3735 * 2930 6706 4746 6808 7014 2549 * 6741 3944 3809 6926 5219 * 2624 36
F 36 3681 5226 3589 5133 3735 * 2930 6706 4746 6808 7014 2549 * 6742 3944 3809 6926 5219 * 2624 36
0 * * * * 1509 624 9372 0 1290
P 37 4986 * 5115 4223 5927 * 7096 6485 6673 6374 * * 436 6653 6640 4663 6452 7068 * 6396 37
......@@ -157,7 +157,7 @@ P 37 4986 * 5115 4223 5927 * 7096 6485 6673 6374 * * 436 6653 6640 4663 6452 7
T 38 4121 * 2286 1986 6452 4323 5194 * 4763 4981 5558 4418 * 3947 4459 3563 5740 5505 6359 6382 38
0 * * * * * 0 9370 0 1125
T 39 3830 5004 5876 6920 3804 * * 3285 * 2396 3829 4439 * * 6396 4376 3128 3070 6728 3479 39
T 39 3830 5004 5876 6920 3804 * * 3285 * 2396 3829 4439 * * 6396 4375 3128 3070 6728 3479 39
0 * * * * * 0 9370 0 1125
K 40 3900 * * 4772 * 6585 6577 4535 1889 3687 7155 6485 5927 2702 2176 6725 5604 4764 * 6907 40
......@@ -179,25 +179,25 @@ H 45 5622 * 4692 4241 4747 3520 4388 5590 2472 5594 5876 4333 6840 3521 3268 3
391 4616 2347 808 1222 1276 769 9335 1555 2381
F 46 3811 * 4827 6187 1414 * 6356 4681 * 2998 4009 6484 * 6302 5610 4757 3975 3846 6233 4701 46
1690 694 3802 168 3184 2346 316 8928 6906 4656
1690 694 3802 168 3184 2346 316 8928 6905 4656
D 47 4386 * 2057 3487 6402 2414 5438 6412 3777 5797 * 2720 * * 5362 3532 4838 * * * 47
154 4874 3903 668 1431 2398 304 8904 1339 4866
L 48 5399 5312 5218 6425 3694 * 5533 3883 3008 2047 4152 4211 5535 5471 5267 6292 4881 2824 * 6453 48
649 1736 4017 728 1335 3441 139 8868 4629 4852
649 1736 4017 728 1335 3441 139 8868 4628 4851
S 49 4111 * 2584 3942 * 3932 * 6227 3198 5172 * 4699 2673 6486 * 2461 3700 6133 * 6014 49
2314 398 4643 2006 413 3053 185 8706 7555 5415
S 49 4111 * 2584 3942 * 3932 * 6227 3198 5172 * 4699 2673 6486 * 2461 3700 6133 * 6015 49
2314 398 4643 2006 413 3053 185 8706 7555 5414
H 50 3304 5840 5887 4083 * 6033 6349 4019 2787 3248 5537 4987 3434 3713 3001 4216 4297 6096 * * 50
144 3397 * 2052 398 2150 368 8593 1972 5743
144 3397 * 2052 398 2150 368 8593 1972 5742
G 51 3203 * 4126 4322 4568 4310 5421 6652 3509 * * 3292 * 3435 4660 2294 3364 * 6538 5352 51
17 * 6406 * * 2982 195 8806 0 4926
17 * 6406 * * 2982 195 8806 0 4925
S 52 4926 * 2610 5957 6054 4934 5615 5282 * 6116 5459 2048 5331 6426 * 1753 4137 5358 * * 52
40 6184 6230 0 * 1179 840 8884 1019 4639
40 6184 6230 0 * 1179 840 8884 1019 4638
A 53 3151 6250 4282 3262 6379 4708 5344 6550 3599 5403 * 4056 1811 5822 5681 3521 4385 * * 6695 53
32 * 5505 * * 809 1220 9252 0 3358
......@@ -206,7 +206,7 @@ Q 54 3272 6501 2954 3304 5184 3754 6710 5916 3189 5161 6483 4640 6937 3604 336
52 5219 6838 0 * 1914 445 9350 1345 2329
V 55 4774 * 6129 6543 1648 * * 3404 6782 2188 3177 6501 * 7125 * 6464 5940 3247 7038 5206 55
17 6412 * 1585 585 1400 687 9371 1034 2105
17 6412 * 1585 585 1400 687 9371 1034 2104
K 56 4547 6450 4826 3392 6778 4288 3868 5920 2492 4206 * 3967 * 3419 2528 4083 4767 * * 6439 56
0 * * * * 2419 299 9408 0 1638
......@@ -215,7 +215,7 @@ G 57 2498 6326 4830 3699 6126 3564 4391 6455 3628 4032 * 4135 * 4569 2909 3988
13 * 6764 * * * 0 9409 0 1489
H 58 * 6139 * * 6684 * 996 6794 5468 3712 5198 * * 1884 6385 * 6552 6930 * 4729 58
29 * 5661 * * 1345 722 9399 0 1658
29 * 5661 * * 1345 722 9399 0 1657
G 59 1803 3789 * 5385 4751 2668 * 4963 3928 5346 5644 6561 5795 * 5702 3572 4341 3334 * * 59
45 6461 5670 2322 322 1331 731 9386 1026 1703
......@@ -229,10 +229,10 @@ K 61 3583 6435 * * * 6348 5334 4178 3011 4667 4294 5401 * 4071 2050 3323 3082
V 62 * * * * 2188 * * 2332 * 2231 4254 * * * * 6458 * 1817 * 5556 62
0 * * * * * 0 9400 0 1360
A 63 3024 5675 * * 3641 4182 * 3882 6728 2272 2976 * * 4538 5387 4379 4689 2957 6802 5695 63
A 63 3024 5675 * * 3641 4182 * 3882 6728 2272 2975 * * 4538 5387 4379 4689 2957 6802 5695 63
0 * * * * 1399 688 9400 0 1360
D 64 3620 5444 3823 2550 * 3549 6368 5829 3590 5078 4771 2909 * 3419 4088 4856 4307 6818 * 6561 64
D 64 3620 5444 3823 2550 * 3549 6368 5829 3590 5078 4771 2909 * 3420 4088 4856 4307 6818 * 6561 64
0 * * * * 0 * 9413 0 1157
A 65 2125 7471 * 6757 3747 3442 * 3967 6897 3201 4810 * * 5315 4596 3331 4021 3466 4732 5873 65
......@@ -257,25 +257,25 @@ A 71 5064 * 2849 2879 * 3033 6671 7035 2885 5820 5752 3334 * 4104 4531 3594 41
0 * * * * * * 9425 0 0
H 72 3303 5864 6509 4452 5012 4870 3777 7424 3852 4273 * 2147 6168 5259 4084 2692 5257 5211 * 5197 72
134 3659 6712 1063 940 * * 9425 2296 0
134 3659 6712 1063 940 * * 9425 2295 0
V 73 4636 5878 5223 7414 4601 * 6163 3414 5247 1190 3608 5815 4657 6413 6554 6715 5771 4219 * 4235 73
78 4477 7016 1162 854 0 * 9407 1719 1017
D 74 4768 6566 1212 3047 7415 2771 4798 * 5855 * * 3860 5825 5147 6739 4783 5808 5949 * * 74
D 74 4768 6566 1212 3047 7414 2771 4798 * 5855 * * 3860 5825 5147 6739 4783 5808 5949 * * 74
53 4796 * 1419 676 * 0 9420 1539 1000
D 75 5762 * 1745 3181 5154 5798 4732 7290 3956 * * 2023 5600 4593 5057 3924 6112 * * * 75
437 1936 * 1771 500 0 * 9420 5056 1000
437 1936 * 1771 500 0 * 9420 5055 1000
M 76 3688 5873 4573 4433 4131 5321 5376 3747 5098 2138 4329 6629 2939 5831 4880 4485 5310 3870 * * 76
M 76 3688 5873 4573 4433 4130 5321 5376 3747 5098 2138 4329 6629 2939 5831 4880 4485 5310 3870 * * 76
75 4577 6809 3105 178 * * 9425 1618 0
P 77 3472 * 2824 2430 6643 4570 4761 5087 3852 5196 5823 5195 5987 4604 4777 3475 4449 4268 * 4565 77
191 3014 * 1129 882 0 * 9423 3111 1000
N 78 3011 6705 5148 2566 6803 3870 5281 5499 3196 4604 * 3946 6938 4641 4631 3122 3756 4552 * 6810 78
298 2552 5956 1515 621 * * 9425 3846 0
298 2552 5956 1515 621 * * 9425 3845 0
A 79 4608 * 7007 4521 3615 6807 5161 3323 4104 2120 3735 * 5803 5213 5554 5307 4067 3026 6590 4579 79
118 3669 * 1585 585 1327 734 9394 2275 1166
......@@ -304,11 +304,11 @@ L 86 5137 * 4741 5525 5227 6588 5537 4235 3117 2440 6469 5111 6869 6932 2666 3
H 87 6572 * * 6375 * 4357 199 * * * * 5999 * 6635 * 6827 * * * 5428 87
0 * * * * * * 9425 0 0
A 88 2536 5409 5241 5839 4449 6901 4839 4587 3189 3695 * * * 5716 2844 3759 5394 2563 6760 6933 88
A 88 2536 5409 5241 5838 4449 6901 4839 4587 3189 3695 * * * 5716 2844 3759 5394 2563 6760 6933 88
2833 3693 354 993 1007 * * 9425 2252 0
H 89 3653 4336 4648 2658 4500 * 4668 * 3460 * 4432 4473 * 4645 2592 * 2314 * * * 89
243 2689 * 1342 724 33 5457 6878 1372 8628
243 2689 * 1342 724 33 5457 6878 1372 8627
K 90 3245 6569 3874 4460 4623 3462 4748 6728 2677 7032 7070 3613 4250 4325 3054 4788 4190 6026 * 6630 90
190 3018 * 1057 945 887 1123 9407 3174 1184
......@@ -346,13 +346,13 @@ L 100 3161 * 3858 3687 5860 5865 7073 3889 4782 2651 4676 3771 3910 4228 6768 4
L 101 4122 * * * 1907 5923 * 3571 * 2043 3166 * * * * 6380 * 2556 5126 6586 101
0 * * * * * * 9422 0 0
S 102 3126 5159 * 5608 4902 2054 * 4760 3130 3563 * * 6074 4562 3068 3393 6951 5626 6677 5854 102
S 102 3126 5159 * 5608 4902 2054 * 4760 3130 3563 * * 6074 4562 3068 3393 6951 5626 6676 5854 102
14 6703 * 0 * * * 9422 1001 0
H 103 4334 6647 3394 1978 * 4922 5248 6683 4142 * * 3906 4034 4216 3483 3319 4771 4652 6581 7014 103
0 * * * * * * 9422 0 0
C 104 1778 3778 6741 6929 5236 7023 * 3278 * 4710 7016 5479 4616 4791 * 3173 5247 2625 5996 5603 104
C 104 1778 3778 6741 6929 5236 7023 * 3278 * 4710 7016 5479 4616 4791 * 3173 5247 2625 5997 5603 104
0 * * * * * * 9422 0 0
L 105 5621 6309 * * 2189 * * 2758 * 1279 4319 * * * * 6485 5503 3675 6703 5896 105
......@@ -377,7 +377,7 @@ A 111 3161 6557 3409 2200 6771 5939 5522 * 3422 6532 * 3963 5218 3375 4458 3182
69 6749 4735 1585 585 0 * 9322 1001 1000
H 112 3212 4845 * 4212 6614 5101 3751 4477 3410 3622 5667 5284 * 4282 3977 5539 4239 2674 6496 3900 112
106 7095 3972 0 * 0 * 9373 1000 1550
106 7095 3972 0 * 0 * 9373 1000 1549
L 113 5352 4370 4151 6426 3697 4849 5735 3928 6239 1367 4703 5713 * 4978 * 5419 5779 3506 6311 5022 113
338 4663 2563 3331 151 1148 866 9264 1542 1963
......@@ -391,7 +391,7 @@ A 115 3346 6541 2812 4965 * 3710 * 6588 3643 5091 * 3795 3178 4954 4391 3369 40
E 116 3538 5000 3160 3933 7119 3548 3929 * 3088 * * 3738 5601 3780 3312 3338 5708 5001 * 6490 116
109 4272 5565 1382 698 1136 876 9259 1751 2035
F 117 4176 6733 6850 * 2041 * 5346 3977 5248 3220 4773 6686 5750 * 5409 4261 * 4766 2478 3251 117
F 117 4176 6733 6850 * 2041 * 5346 3977 5248 3220 4773 6686 5750 * 5409 4262 * 4766 2478 3251 117
33 5457 * 4186 82 1585 585 9288 1269 1855
T 118 4877 * 2285 5727 6561 5936 5528 * 4717 * * 2982 6963 5020 5257 2534 1781 * * * 118
......@@ -437,7 +437,7 @@ S 131 4190 5659 5971 4777 2794 5404 4955 3447 6769 3536 7272 4262 6646 6623 451
10 7123 * 2000 415 * 0 9285 1000 1008
V 132 5083 5828 * * 3010 5659 * 1725 * 2647 4814 6283 * * * 5279 4723 2137 7068 * 132
0 * * 1585 585 0 * 9292 1008 1008
0 * * 1585 585 0 * 9293 1008 1008
S 133 2672 4251 6697 5449 3979 3897 * 2654 * 3468 5786 5251 * 5726 4839 4137 4138 2908 * 4907 133
15 * 6571 * * * * 9247 0 0
......
modules/bindings/tests/testfiles/test.seq219
+ 1
− 3
View file @ 4f32afa7
>Test
EM{XNJXdnEG$+~hS^CX~܍<%X[
Edׄ[F#mX\f
ijV3%Մҷ?IɕH"҄I̓rk?DŽړ3ڄքɄ.̻_3Iؓҩ ʄɳ˲_vҊӼ%ք7A
\ No newline at end of file
0% or .
You are about to add 0 people to the discussion. Proceed with caution.
Please register or to comment