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### Annotation
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other_RNAs_sequence: "../annotation/txome_rRNAs_joao.fa"
other_RNAs_index: "../annotation/txome_rRNAs_joao.idx"
transcripts_sequence: "../annotation/hg38_refseq_20171127_rep.fa"
transcripts_index: "../annotation/hg38_refseq_20171127_rep.idx"
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### Output and log directory
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output_dir: "results"
local_log: "results/local_log"
cluster_log: "results/cluster_log"
dir_created: "results/dir_created"
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### sample info
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input_dir: "samples"
input_reads_pattern: ".fastq.gz"
sample: ["example"]
example: {adapter: GATCGGAAGAGCACA}
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