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Commit 3a3ce516 authored by Alex Kanitz's avatar Alex Kanitz
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fix: ref does not match pileups in example

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View file @ 3a3ce516
...@@ -111,7 +111,7 @@ Then run the test command above. ...@@ -111,7 +111,7 @@ Then run the test command above.
In both cases, a successful test run with the above command will create a file In both cases, a successful test run with the above command will create a file
`test.test-mir.min.1.pileup.tab` in the current working directory with MD5 sum `test.test-mir.min.1.pileup.tab` in the current working directory with MD5 sum
`6b5a66981bd83329219002897be393a6`. `c9fe3f47da7d73b864823e1fc0636d4c`.
## Options ## Options
...@@ -168,7 +168,8 @@ In both cases, a successful test run with the above command will create a file ...@@ -168,7 +168,8 @@ In both cases, a successful test run with the above command will create a file
To create a BGZIP-compressed copy of your reference file in FASTA format, as To create a BGZIP-compressed copy of your reference file in FASTA format, as
required by option `--reference`, you will need the `bgzip` utility that comes required by option `--reference`, you will need the `bgzip` utility that comes
with the [HTSlib][htslib] suite. with the [HTSlib][htslib] suite. If you have have installed dependencies via
Conda, then the HTSlib suite will be already installed.
Supposing you have HTSlib installed and have a reference file `test.fa` in Supposing you have HTSlib installed and have a reference file `test.fa` in
your current working directory, you can create a BGZIP-compressed copy of it your current working directory, you can create a BGZIP-compressed copy of it
......
ascii_alignment_pileup.R
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View file @ 3a3ce516
...@@ -29,7 +29,7 @@ against one or more regions specified in a BED file.\n" ...@@ -29,7 +29,7 @@ against one or more regions specified in a BED file.\n"
author <- "Author: Alexander Kanitz" author <- "Author: Alexander Kanitz"
affiliation <- "Affiliation: Biozentrum, University of Basel" affiliation <- "Affiliation: Biozentrum, University of Basel"
email <- "Email: alexander.kanitz@alumni.ethz.ch" email <- "Email: alexander.kanitz@alumni.ethz.ch"
version <- "1.1.0" version <- "1.1.1"
version_formatted <- paste("Version:", version, sep=" ") version_formatted <- paste("Version:", version, sep=" ")
requirements <- c("optparse", "rtracklayer", "GenomicAlignments", "tools") requirements <- c("optparse", "rtracklayer", "GenomicAlignments", "tools")
requirements_txt <- paste("Requires:", paste(requirements, collapse=", "), sep=" ") requirements_txt <- paste("Requires:", paste(requirements, collapse=", "), sep=" ")
......
environment.yml
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View file @ 3a3ce516
...@@ -5,3 +5,4 @@ channels: ...@@ -5,3 +5,4 @@ channels:
dependencies: dependencies:
- r-optparse=1.7.1 - r-optparse=1.7.1
- bioconductor-rtracklayer=1.54.0 - bioconductor-rtracklayer=1.54.0
- tabix=1.11
tests/expected_output.md5
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View file @ 3a3ce516
6b5a66981bd83329219002897be393a6 test.test-mir.min.1.pileup.tab c9fe3f47da7d73b864823e1fc0636d4c test.test-mir.min.1.pileup.tab
tests/test_files/test.fa
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View file @ 3a3ce516
...@@ -59,8 +59,8 @@ CGAGACAGGCCTGGGCAGTGCAGCTCCCAGAGTGGTCCCCACTTGGAAAGTGGGgtgcag ...@@ -59,8 +59,8 @@ CGAGACAGGCCTGGGCAGTGCAGCTCCCAGAGTGGTCCCCACTTGGAAAGTGGGgtgcag
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catggctcatgcctgtaatctcagcactttgagaggccaaagtggatggatcacttgagg catggctcatgcctgtaGGGATGAGGTAGTAGGTTGTATAGTTTTAGGGTCACACCCACC
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...@@ -99,903 +99,3 @@ ctgctacaactccagcttttgagtcttcacacaatgtggaaagatatggggaggtgtggt ...@@ -99,903 +99,3 @@ ctgctacaactccagcttttgagtcttcacacaatgtggaaagatatggggaggtgtggt
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CCCTGCCTCAGGGTGGAAGCCCGGGCAGAGCAGAACCTGTGGGCTGGAGGGCCTCCCTGC
AGGGCTTGCCTAAGTGTGTGTTAGTGCTCCCTTGGCAGGACACAGAGAGGCTCATCAGAC
CTGTCCACCAGCACCACCAGCACAAGGACCATGATCAAAACCATCGGAAACTGCCTGATC
AGCGGCATCCACAGCCGCAGCCACATGGTTACCTCAAAGCAGGAGCTGGAGCATGCCTCC
GAGTTGGAGAGGCTGCAGTGGGTGGCCTGGGACCTCACAGTCCCCCGCCAGCTCTGCCAC
CAGATGCTGAGGCTCCTGCAGCAGCACCAGAATGCGATATAGTTTCTGCGAGAAAGGACA
AAAAGTTCAGGACGGAGATGAAGAGGCTCATGCACGATGGCATGGTCCCCCAGGTCCCTG
AAAAGGACAACATGTCTATCAGGCACTAATTTCAAGAGCTCATTAAAGGAATAGATATTG
CTGACTTGGTCCTGCCTGAGTTAGCCCAGGCGCTGGCCACCGTGGCCAGGCTGCCCGAGG
CCTGCAGGATGGGCAGGGCCACGCAGAGCGAACTGTTGGAACAAACGCTCCAGGAGATTT
TATGCAAGTCAGAGTTGGGCTTGCTGCCAAAACCGAACAAAGAGGCAAAGCTTCCTGGGG
ACCCATGTTATTCCTCCTCCACTTCCTCCACTGGTGTGTTCTCCACACAAGGAAGTGGGC
TTAAGTCTAGGGAATCAACAGCGTAAAGTCATATTTTGGCCTCAAAATGTCAAAAACTTT
GATCATTTTGCCTGTAATTTGAAAGTTGCTAGACTTCACTTCTTaaaaagaaaaaaaaaa
aaaaaaCTTTCCACATTGTGATCTCTCTCTTGATTTGGGTTATTCTGCTGCTAATTAATC
ATCCAAAGttttttttttttttCCATTTTTAATGGAAACCTGCTTTAAAAGCTTGTTGCT
GAAAGCTAACATAGGAGGGCTTTAACTAGTGGGAGATGCTGAGCTTGGCTGGGCTGGAGG
TGGTGCAGGAGGTGAGTTCTTGGCACAACTGAACAGAACAGCATCGTGCTCTGATGACTT
ACTGTGCAATTTCAGCTCAATTGAGCTTCAAATACTAGACATTACAACGGCAATGACTCC
ACAGAAATGAAGCCTTGGTTAGCTCTTGTCCATGGATTTTGTTCTTTTTCCTTCACAACA
GTCCTaactacagtttattaaatgcttaccatagactactatgcaccctttatattaatg
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CTTAAAATTCAGTGTTTATGAATTACTTTGtgaatgtctattatgacaagcactgagttt
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ccagccTTGACTCTGTTTCTTGACTCTTGCTTTGCTTTTTCTGCTGTGGACTGACTTCTT
CTCACATGTCATTACAGCTTGGGATCTGCAGCTAAGAGGACTTCCTTCTCCCAGTCCATG
TTTACATTTCCAGGAAGGGACACTGGCCTTATTGAGGTACTGTCCCCTTATAGGACTTAC
CAGTGTGTGTTACCCACTCACCTCTGTGGTTAAGGTACTGTGATTAACAGCTGAGACCAC
AACCCCACAACTAAAGTGGGGCAGGAGCTGTATTTCAAAAGAAGAGGCATGCTTCCAGGC
cagaggacacaaatttagatgacttcaggggccaggcttgtagtaagaatgaagcaggct
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