config.yaml

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  ##############################################################################
  ### Annotation
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  other_RNAs_sequence: "../annotation/txome_rRNAs_joao.fa"
  other_RNAs_index: "../prepare_annotation/results/other_RNAs_sequence.idx"
  transcripts_sequence: "../prepare_annotation/results/longest_pc_transcript_per_gene.fa"
  transcripts_index: "../prepare_annotation/results/longest_pc_transcript_per_gene.idx"
  ##############################################################################
  ### Output and log directory
  ##############################################################################
  output_dir: "results"
  local_log: "results/local_log"
  cluster_log: "results/cluster_log"
  dir_created: "results/dir_created"
  ##############################################################################
  ### sample info
  ##############################################################################
  input_dir: "samples"
  input_reads_pattern: ".fastq.gz"
  sample: ["example", "s_ribseq_r1"]
  example: {adapter: GATCGGAAGAGCACA}
  m_ribseq_r2: {adapter: CTGTAGGCACCATCA}
  s_ribseq_r1: {adapter: CTGTAGGCACCATCA}
...