fix: SCHWED-3097 Some commands do not need virtualenv

singularity/Singularity.1.7.1

@@ -55,6 +55,13 @@ apt-get update -y && apt-get install -y cmake \
 										clustalw \
                                         python-virtualenv
 
+# INSTALL SOME PYTHON PACKAGES GLOBALY
+######################################
+pip install --upgrade pip && pip install numpy==1.10.4 \
+                                         scipy==1.0.0 \
+                                         pandas==0.22.0
+
+
 # SET UP VIRTUALENV
 ###################
 virtualenv --system-site-packages $VIRTUALENV_DIR
@@ -63,11 +70,8 @@ virtualenv --system-site-packages $VIRTUALENV_DIR
 
 # INSTALL REQUIRED PYTHON PACKAGES
 ##################################
-pip install --upgrade pip && pip install numpy==1.10.4 \
-                                         scipy==1.0.0 \
-                                         pandas==0.22.0 \
-                                         jupyter==1.0.0 \
-                                         nglview==1.0
+pip install jupyter==1.0.0 \
+            nglview==1.0
 
 # DOWNLOAD AND INSTALL MSMS
 ##############
@@ -210,19 +214,19 @@ export VIRTUALENV_DIR="/usr/local/share/ost_venv"
 ##############################################################################
 # CHEMDICT TOOL APP
 ##############################################################################
-. $VIRTUALENV_DIR/bin/activate && $OST_ROOT/bin/chemdict_tool "$@"
+$OST_ROOT/bin/chemdict_tool "$@"
 
 %apprun lDDT
 ##############################################################################
 # lDDT APP
 ##############################################################################
-. $VIRTUALENV_DIR/bin/activate && $OST_ROOT/bin/lddt "$@"
+$OST_ROOT/bin/lddt "$@"
 
 %apprun Molck
 ##############################################################################
 # MOLCK APP
 ##############################################################################
-. $VIRTUALENV_DIR/bin/activate && $OST_ROOT/bin/molck "$@"
+$OST_ROOT/bin/molck "$@"
 
 %apprun OST
 ##############################################################################