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Commit 8cd2d0a4 authored by Rafal Gumienny's avatar Rafal Gumienny
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fix: SCHWED-3097 Some commands do not need virtualenv

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singularity/Singularity.1.7.1
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...@@ -55,6 +55,13 @@ apt-get update -y && apt-get install -y cmake \ ...@@ -55,6 +55,13 @@ apt-get update -y && apt-get install -y cmake \
clustalw \ clustalw \
python-virtualenv python-virtualenv
# INSTALL SOME PYTHON PACKAGES GLOBALY
######################################
pip install --upgrade pip && pip install numpy==1.10.4 \
scipy==1.0.0 \
pandas==0.22.0
# SET UP VIRTUALENV # SET UP VIRTUALENV
################### ###################
virtualenv --system-site-packages $VIRTUALENV_DIR virtualenv --system-site-packages $VIRTUALENV_DIR
...@@ -63,11 +70,8 @@ virtualenv --system-site-packages $VIRTUALENV_DIR ...@@ -63,11 +70,8 @@ virtualenv --system-site-packages $VIRTUALENV_DIR
# INSTALL REQUIRED PYTHON PACKAGES # INSTALL REQUIRED PYTHON PACKAGES
################################## ##################################
pip install --upgrade pip && pip install numpy==1.10.4 \ pip install jupyter==1.0.0 \
scipy==1.0.0 \ nglview==1.0
pandas==0.22.0 \
jupyter==1.0.0 \
nglview==1.0
# DOWNLOAD AND INSTALL MSMS # DOWNLOAD AND INSTALL MSMS
############## ##############
...@@ -210,19 +214,19 @@ export VIRTUALENV_DIR="/usr/local/share/ost_venv" ...@@ -210,19 +214,19 @@ export VIRTUALENV_DIR="/usr/local/share/ost_venv"
############################################################################## ##############################################################################
# CHEMDICT TOOL APP # CHEMDICT TOOL APP
############################################################################## ##############################################################################
. $VIRTUALENV_DIR/bin/activate && $OST_ROOT/bin/chemdict_tool "$@" $OST_ROOT/bin/chemdict_tool "$@"
%apprun lDDT %apprun lDDT
############################################################################## ##############################################################################
# lDDT APP # lDDT APP
############################################################################## ##############################################################################
. $VIRTUALENV_DIR/bin/activate && $OST_ROOT/bin/lddt "$@" $OST_ROOT/bin/lddt "$@"
%apprun Molck %apprun Molck
############################################################################## ##############################################################################
# MOLCK APP # MOLCK APP
############################################################################## ##############################################################################
. $VIRTUALENV_DIR/bin/activate && $OST_ROOT/bin/molck "$@" $OST_ROOT/bin/molck "$@"
%apprun OST %apprun OST
############################################################################## ##############################################################################
......
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